Yarrowia lipolytica, une levure modèle pour l'étude des transposons

C. Neuvéglise, C. Ozanne, C. Gaillardin, S. Casaregola

INRA, INA-PG, CNRS, Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaire, BP01, 78850 Thiverval-Grignon

Y. lipolytica est une levure hémiascomycète dimorphique, non-pathogène, utilisée en agro-alimentaire et en biotechnologie pour ses capacités à pousser sur acides gras et alcanes et ses aptitudes à produire des métabolites et des protéines hétérologues. Majoritairement haploïde hétérothallique, mais faiblement fertile, elle se propage dans la nature principalement de façon clonale, ce qui se traduit par une forte variabilité intraspécifique de son génome. Celui-ci a été récemment séquencé par le Génoscope dans le cadre du GDR Génolevures. Le génome de Y. lipolytica est atypique comparé aux autres levures hémiascomycètes connues : ses 6 chromosomes totalisent plus de 20 Mb, 6703 gènes avec une densité génique de 46,3%. Son contenu en éléments transposables est lui aussi original. Alors que la majorité des levures étudiées ne possèdent plus que des éléments de classe I, principalement des rétrotransposons à LTR de type Ty1/copia, Yarrowia se caractérise par une grande diversité de transposons. La souche séquencée possède des éléments de classe I : trois familles de Ty3/gypsy (Ylt1, Tyl3, Tyl6), une famille de solo LTR, une famille de LINE (Ylli) ainsi que des éléments de classe II : Mutyl, élément de type Mutator et Fotyl, élément de type Fot1, Tc1-mariner. Grâce à la séquence complète du génome, nous avons pu analyser les éléments transposables dans un contexte global, étudiant leur site d’insertion, leur variablilité, leur (faible) implication dans la dynamique du génome. Finalement, en utilisant les transposons comme marqueurs génétiques, il a été possible de suivre leur présence dans différentes lignées de Y. lipolytica et de reconstituer ainsi l'évolution de cette espèce.