B. Janzac(1), V. Roussel(1), K. Bonnemaire(1), G. Hakiza(2), A. Kalonji(2), F. Pinard(3), D. Bieysse(1)
(1) CIRAD Phytrop TA40/2 Av. Agropolis, 34398 Montpellier Cedex 5
(2) CORI Po Box 185, Mukono, Ouganda
(3) UNIKIN Campus de Kinshasa, BP186, KIN XI, Kinshasa République Démocratique du Congo
(4) ICRAF Nairobi, Kenya

La culture du caféier Coffea canephora var. robusta, constitue une des premières ressources économiques pour certains pays Africains. Actuellement, la réémergence d'une maladie cryptogamique "disparue" vers la fin des années 60, la trachéomycose du caféier due à Fusarium xylarioides, entraîne irrémédiablement la mort des C. canephora et C. arabica et accentue la situation de crise économique de ces pays. Face à l'inefficacité des moyens de lutte phytosanitaire, à l'impossibilité de replanter sur sol infecté, une stratégie génétique visant à développer la sélection de caféiers résistants a été mise en place. L'étude de la diversité de l'agent pathogène constitue un préalable à l'établissement d'un tel programme de sélection.
La stratégie retenue pour l'étude de la diversité génétique de Fusarium xylarioides a été l'approche microsatellite. Onze couples d'amorces définis à partir d'une souche de référence, ont servi à l'étude d'une collection d'isolats récoltée en Ouganda, en République du Congo, en Tanzanie et en Ethiopie, représentative de la diversité géographique des zones infectées et sur une série de clones dont la résistance au champ est connue.
Cette étude a permis d'une part, d'identifier les individus appartenant à l'espèce Fusarium xylarioides et d'autre part, elle a fait apparaître une faible diversité génétique au sein de l'espèce, suggérant une prédominance d'une multiplication par voie végétative malgré la présence de la forme parfaite Gibberella xylarioides amenant ainsi à reconsidérer les données sur la biologie du champignon. La variabilité génétique de souches "historiques" collectées dans les années 50 à 60 laisse supposer une faible évolution génétique de l'espèce Fusarium xylarioides au cours de ce laps de temps.
En parallèle, une évaluation de la pathogénie a été mise en place afin d'étudier les relations hôte/pathogène et de corréler les informations biologiques des isolats à la diversité génétique observée.