Résumés des posters - Thème : Epidémiologie

Poster N° 1

Influence de la résistance partielle de différents cultivars de pommiers sur le déroulement des épidémies de tavelure

Laurent Brun, Delphine Boucher, Frédérique Didelot, Luciana Parisi
UMR INRA/INH/Université PATHOLOGIE VEGETALE - 42 rue G. Morel - 49071 BEAUCOUZE Cedex, FRANCE

Le niveau de sensibilité des variétés de pommier à la tavelure (causée par Venturia inaequalis) devrait être pris en compte dans le raisonnement de la protection fongicide. On dispose de données concernant la sensibilité des variétés à la tavelure, à l'oïdium et aux maladies de conservation, collectées principalement à partir d'enquêtes auprès de professionnels. Cependant, peu d'études concernant la sensibilité variétale ont été réalisées en verger sans protection fongicide, alors qu'une meilleure connaissance des niveaux de résistance partielle des cultivars de pommiers permettrait de mieux raisonner la protection contre la maladie. Dans cet objectif, le développement des épidémies de tavelure a été étudié en 2000 et 2001 dans un verger expérimental situé près d'Angers (France).
Ce verger, planté en mars 1999 dans le cadre du projet européen 'Durable Apple Resistance in Europe' comporte 20 cultivars de pommiers. Six cultivars présentant différents niveaux de sensibilité à la tavelure ont été pris en compte pour cette étude: un cultivar considéré moyennement à très sensible à la tavelure (Gala), 2 cultivars considérés moyennement sensibles à la tavelure (Golden Delicious et Fiesta), et 3 cultivars considérés peu sensibles à la tavelure (Reinette Clochard, Colapuis et Firiki). Ces 6 cultivars sont sensibles à l'inoculum local de V. inaequalis. Chaque parcelle élémentaire est constituée d'une rangée de 6 arbres de chaque cultivar, dans un dispositif en blocs à 4 répétitions. Aucun traitement fongicide anti-tavelure n'a été réalisé dans le verger depuis la plantation. L'incidence (% de feuilles ou de fruits tavelés) a été déterminée à chaque notation, puis l'aire comprise entre la courbe de progression de l'incidence et l'axe du temps (AUDPC) a été calculée.
En 2001, les périodes de contaminations ont été nombreuses et régulières en début de saison, puis une période plus sèche est observée du 9 mai au 7 juin. Ceci se traduit par un développement important de la tavelure sur feuilles et fruits, dès le mois d'avril, pour Gala et Golden Delicious, et par un développement plus lent pour Reinette Clochard, Firiki et Colapuis. A la récolte, Gala présente 97,2 % de fruits tavelés alors que Colapuis, le cultivar moins sensible, seulement 14,5 %. Fiesta apparaît beaucoup plus sensible à la tavelure en début de saison à la fois sur feuilles et sur fruits (sensibilité équivalente à Golden et Gala) qu'en fin de saison (sensibilité du niveau de Reinette Clochard).
Le classement des cultivars pour leur sensibilité à la tavelure en 2001 est identique à celui observé en 2000 dans ce verger. Ces résultats montrent une grande variabilité de sensibilité dans la gamme des 6 cultivars étudiés, qui ne nécessiteront pas tous pas le même niveau de protection fongicide. Il faudra cependant adapter la protection à chaque cultivar, la sensibilité des feuilles et des fruits, ou la sensibilité au cours de la saison pouvant varier pour certains cultivars. La plantation de ce type de variétés peu sensibles à la maladie serait particulièrement intéressante dans les vergers conduits en protection intégrée.

Poster N° 2

Oïdium du pommier : variabilité du pouvoir pathogène et résistance variétale Pl2

Valérie Caffier (1), François Laurens (2), Charles-Eric Durel (2), Luciana Parisi (1)
INRA Centre d'Angers, 42 rue Georges Morel, BP 57, 49071 Beaucouzé cedex (1) UMR Pathologie Végétale, (2) Unité d'Amélioration des Espèces Fruitières et Ornementales

L'oïdium, causé par Podosphaera leucotricha, constitue la deuxième maladie cryptogamique du pommier, après la tavelure. Chaque année, 8 à 10 traitements fongicides sont réalisés contre l'oïdium. Une limitation du nombre de ces traitements peut être réalisée grâce à la culture de variétés de pommiers résistantes, associée à un meilleur raisonnement des applications fongicides. L'un des objectifs du programme d'amélioration génétique du pommier développé à l'INRA d'Angers est l'obtention de clones résistants à la tavelure et à l'oïdium, et présentant de bonnes qualités agronomiques et gustatives. Notre étude porte sur la durabilité de ces résistances : notre objectif est de déterminer s'il existe des races d'oïdium virulentes vis-à-vis des sources de résistance utilisées dans ce programme.
La sélection pour la résistance à l'oïdium se fait en pépinière en conditions naturelles d'inoculation. Les arbres indemnes d'oïdium sont conservés et plantés au verger. Après plusieurs années, de l'oïdium a été observé sur des clones qui avaient été sélectionnés comme résistants. Plusieurs hypothèses pourraient expliquer ces observations : (1) la sélection en pépinière n'est pas efficace, (2) il y a érosion de la résistance au cours du processus de sélection, (3) le développement de la maladie est fonction de la quantité d'inoculum qui peut s'accroître d'année en année dans un verger, (4) il y a contournement de la résistance par développement de races virulentes. Nous testons ces hypothèses par des études de pouvoir pathogène réalisées en conditions contrôlées sur des clones de pommier sélectionnés pour posséder la résistance Pl2.
Des clones issus des différentes générations de croisements ont été inoculés soit avec des souches isolées de vergers commerciaux (a-priori avirulentes), soit avec des souches issues d'un verger expérimental où sont cultivés les clones de pommier sélectionnés pour la résistance Pl2. Les résultats obtenus confirment que la résistance Pl2 qui avait été considérée à l'origine comme monogénique est en réalité plus complexe, et montrent que l'un des facteurs de cette résistance pourrait être contourné par une race d'oïdium virulente. Il existe des clones de la dernière génération de croisement qui restent résistants vis-à-vis de cette race. Il est possible que ces clones aient hérité de gènes de résistance mineurs venant du parent 'sensible' utilisé dans les croisements, ce qui leur permet de maintenir un bon niveau de résistance même si des souches virulentes vis-à-vis de Pl2 se développent.

Poster N° 3

Etude de l'apparition des foyers de maladie de Rhizoctone brun dans un champ de betteraves naturellement infesté : mesures du potentiel infectieux et de la réceptivité des sols

Guillemaut Cécile(1), Alabouvette Claude(1), Garressus Samuel(2) et Steinberg Christian(1)
(1) INRA Dijon, UMR BBCE-IPM (Biochimie, Biologie Cellulaire et Ecologie des Interactions Plantes
-Microorganismes), 17, rue Sully, BP 86510, 21065 Dijon Cedex , France
(2) Institut Technique Français de la Betterave Industrielle -Délégation Centre-Est- ; 4 Boulevard Beauregard ; 21600 Longvic, France

La maladie de pourriture racinaire de la betterave sucrière due à Rhizoctonia solani est une maladie qui apparaît en foyers. En monoculture de betteraves, ces foyers apparaissent successivement dans des zones différentes d'un même champ. Afin de mieux comprendre ce phénomène, des mesures de potentiel infectieux et de réceptivité ont été réalisées à partir d'échantillons de sol provenants d'un champ naturellement infesté par Rhizoctonia solani. La mesure du potentiel infectieux vise à déterminer la capacité d'un sol naturellement infesté à produire la maladie. La mesure de la réceptivité du sol vise à déterminer la capacité d'un sol à permettre l'expression d'un inoculum artificiellement introduit.
En fin de culture, des échantillons de sol d'environ 500mL ont été prélevés dans 10 foyers différents, et dans 5 zones indemnes de maladie. Les échantillons ont été ensuite poolés pour constituer les échantillons " dans foyer " ou DF et " hors foyer " ou HF. Le sol désinfecté par autoclavage a été utilisé comme témoin dans le test de réceptivité.
Les mesures du potentiel infectieux et de la réceptivité de ces 2 échantillons ont été mesurées à l'aide de 2 biotests. Ces tests biologiques consistent à apporter 60 ml de sol au collet de 48 plantules de lins :
- la mesure du potentiel infectieux du sol s'effectue en diluant le sol à tester dans le même sol désinfecté de manière à établir une régression entre le taux de mortalité-dilution de sol,
- la mesure de la réceptivité du sol s'effectue en apportant des doses croissantes d'inoculum de R. solani dans le sol à tester de manière à établir une régression mortalité-dose d'inoculum.
Dans le test du potentiel infectieux, aucune fonte n'a été observée au niveau des plantules inoculées par l'échantillon HF quelle que soit la dilution, alors que l'échantillon DF présente une activité infectieuse élevée.
En ce qui concerne le test de réceptivité, le nombre de plantules fondues augmente avec la dose d'inoculum pour tous les sols. Ces valeurs tendent vers un plateau différent suivant les échantillons : 90% de mortalité pour le témoin désinfecté et seulement 58% et 46% pour HF et DF respectivement après 14 jours d'inoculation.
La meilleure résistance du sol DF laisse supposer qu'une microflore indigène aux foyers inhibe l'activité infectieuse de l'inoculum apporté dans ce sol. Ceci expliquerait la mobilité des foyers d'une année sur l'autre. La forte sensibilité obtenue après désinfection du sol (témoin) conforte cette hypothèse.

Poster N° 4

Mise au point d'une méthode de conservation à long terme du Bremia lactucae et Plasmopara halstedii deux parasites obligatoires

Valérie Molinéro-Demilly, Sarah Cassagne, Christine Giroult, Michel Guénard
GEVES-SNES rue Georges Morel 49071 Beaucouzé cedex 01

Différentes méthodes de conservation des spores à basse (-80°C) et ultra-basse température (-196°C) ont été testées pour deux champignons parasites obligatoires Bremia lactucae (agent du mildiou de la laitue) et Plasmopara halstedii (agent du mildiou du tournesol) pour lesquels existent de nombreuses races. Plusieurs essais ont été réalisés avec des cryoprotectants (glycérol, mélange lait/glycérol, saccharose) ou par déshydratation de cotylédons sporulés. Les premiers résultats montrent qu'après deux ans et demi, une méthode simple comme la déshydratation des spores sur cotylédons puis la conservation de l'ensemble à -80°C ou -196°C permet après décongélation une bonne reprise de développement des champignons, sans perte de leur pouvoir pathogène.

Poster N° 5

Influence de la densité d'inoculum sur le développement d'une épidémie de Cavity-spot sur carottes causée par Pythium violae en conditions naturelles

Frédéric Suffert (1), Michèle Guibert (1), Maryvonne Prunier (1) et Françoise Montfort (1)
(1) INRA Centre de Rennes, UMR BiO3P, Equipe Protection Intégrée des Cultures Légumières de Plein Champ, Domaine de la Motte, BP 35327, 35653 LE RHEU Cedex

Les Pythium spp. sont des agents pathogènes majeurs sur racines de carotte avec plusieurs espèces en cause, les principales étant P. violae et P. sulcatum dans les bassins de production traditionnels (Normandie, Bretagne, Val de Loire). Outre le "Cavity spot", les Pythium sont à l'origine de divers symptômes à différents stades de développement de la culture, entraînant des pertes de rendement et dépréciant la qualité des racines.

L'objectif général est de construire un modèle de simulation des cinétiques de maladie provoquée par Pythium violae sur carotte, afin de formaliser les relations au sein du pathosystème et pouvoir agir sur les paramètres fondamentaux qui régissent ces relations.
Le but du travail initié en 2001 et présenté ici est de créer diverses cinétiques épidémiques et d'en identifier les déterminants en qualifiant et quantifiant les différents symptômes au cours de la première année de culture. Ceci est réalisé par l'infestation artificielle du sol de plusieurs microparcelles (bassin de Rennes) à l'aide de doses croissantes (D1, D10, D100) d'inoculum "grain d'orge" de Pythium violae.
L'analyse de la dynamique temporelle de la maladie, par le dénombrement des divers symptômes pendant le cycle de culture puis par l'identification des espèces de Pythium isolées, permet de quantifier et positionner dans le temps les différents types d'attaque au cours des étapes de l'épidémie, jusqu'alors décrits ou suggérés dans la littérature : fontes de semis, fourches des carottes et taches de Cavity spot. On illustre ainsi de façon satisfaisante le développement d'une épidémie tellurique dans des conditions naturelles au cours d'un cycle de culture long (12 mois).
L'effet "dose" sur le développement de la maladie explique les différences de fréquence et de gravité d'attaque en début de croissance des carottes ainsi que dans les premières étapes de la tubérisation. Une fois les racines tubérisées et pendant la phase de conservation automnale dans le sol, l'effet "dose" a en revanche été moins marqué : les niveaux de maladie ont été très élevés, mais les différences expliquées par la densité initiale d'inoculum beaucoup moins prononcées. Une hypothèse avancée est l'existence de contaminations secondaires à partir de symptômes racinaires précoces. Des attaques dues à des espèces de Pythium endogènes (P. sulcatum, P. sylvaticum / irregulare, P. intermedium) sont également venues interférer avec les attaques provoquées par Pythium violae et compliquent l'analyse.
L'incidence de certains facteurs influençant le développement de l'épidémie, tels que des conditions atmosphériques douces et pluvieuses, a été pressentie.
Enfin, le suivi temporel des différents niveaux d'attaque en fonction de la quantité initiale d'inoculum a permis de construire plusieurs hypothèses de travail concernant l'influence de la densité d'inoculum sur le ratio contaminations primaires / contaminations secondaires, susceptible de varier au cours du cycle de culture, en fonction de la fréquence, de la gravité et de la précocité des attaques racinaires, mais aussi en fonction des facteurs climatiques.

Poster N° 6

Impact du choix variétal sur les populations de Plasmopara halstedii, agent du mildiou du tournesol

Denis Tourvieille de Labrouhe(1), Emmanuelle Mestries(2), Marie-Claire Hémery(3), Annette Penaud(2), Jeanne Tourvieille(1), Laurent Gillot(2), Pascal Walser(1)
(1) INRA-UBP, UMR " ASP " - 63039 CLERMONT-FERRAND Cedex 02 ; (2) CETIOM, BP 4 - 78850 THIVERVAL-GRIGNON ; (3) RAGT, BP 31 - 12033 RODEZ

Dans le cadre d'une collaboration inter-professionnelle et avec le soutien du MAP, une étude pluriannuelle a été mise en place en 2001. La résistance du tournesol au mildiou (Plasmopara halstedii) est de type monogénique dominant et relève du système "gène pour gène". Huit gènes Pl de résistance sont actuellement identifiés. Ils sont situés dans deux " clusters " positionnés sur des groupes de liaisons différents. Certains ont été caractérisés comme appartenant au type " NBS-LRR ", d'autres sembleraient être différents. La population parasitaire n'a cessé d'évoluer depuis 1989, année de l'introduction de souches américaines. Actuellement, 7 races ont été caractérisées en France. Les analyses de la variabilité moléculaire du P. halstedii ont montré une très faible diversité entre les souches (plus de 80% de similarité) et ont permis d'obtenir des marqueurs PCR P. halstedii spécifiques et races spécifiques.
Les objectifs de l'étude sont de : 1) Mesurer l'impact de différents choix culturaux sur la population du pathogène à l'échelle de la parcelle : a) niveau d'infestation : cinétique de développement de la maladie selon les différentes stratégies, nombre de plantes sans symptômes aériens mais contaminées au niveau racinaire, b) évolution génétique du pathogène : détection de la présence de nouveaux pathotypes, analyse de leur évolution. 2) Disposer d'informations susceptibles d'orienter les programmes de sélection variétale et permettant de proposer aux agriculteurs des systèmes de production qui amèneront à une exploitation durable des résistances disponibles : a) quel matériel végétal utiliser ? faut-il utiliser des hybrides cumulant plusieurs gènes de résistance différant par leur profil d'efficacité et/ou leur mode d'action ? quel "plus" apportent-ils par rapport à des hybrides ne comportant qu'un seul gène ? b) quelle est la meilleure solution pour gérer au mieux les résistances dans le temps au niveau d'un champ ? faut-il alterner sur une même parcelle des hybrides à profils génétiques différents ? qu'apporte la culture d'un mélange d'hybrides ? quel est le risque d'une monoculture d'un même hybride possédant un ou plusieurs gènes de résistance plusieurs années consécutives ?
Ce travail est rendu possible par l'existence de 4 versions d'un même hybride (matériel reconnu identique aux épreuves de DHS) contenant des combinaisons différentes de gènes Pl. Les 3 stratégies étudiées sont : - le mélange : cultiver chaque année plusieurs versions d'un même hybride différant par leur combinaison de gènes de résistance, - l'alternance : cultiver des versions hybrides avec des combinaisons de gènes de résistance différentes chaque année, - le pyramidage : cultiver un même hybride plusieurs années, et comparer des combinaisons de gènes différentes. Au niveau parasitaire le choix s'est porté sur une population constituée d'un mélange de race 100 (origine européenne) et de race 710 (origine américaine). Deux sites ont été réservés, Clermont-Ferrand avec la mise en place de l' " année 1 " en 2001, et Grignon pour lequel les essais débuteront en 2002.