Session : Taxonomie, Phylogénie et Génétique des Populations



Poster n° 1


Recherche d’un marqueur moléculaire de la souche L13 de Microdochium dimerum, agent de lutte biologique contre Botrytis cinerea sur tomate

D. Andurand, M. Bardin, P. Ladvie, A. Buffière, C. Troulet, P. Nicot

INRA Centre d’Avignon, Unité de Pathologie Végétale, Domaine Saint Maurice, BP94, 84143 Montfavet Cedex


Actuellement, peu de produits biologiques sont commercialisés dans le monde pour protéger la tomate contre B. cinerea. Dans le cadre du développement de méthodes de lutte biologique, la souche L13 de Microdochum dimerum, isolée par notre équipe, a montré un fort  potentiel agronomique pour la lutte anti-botrytis sur plaies d’effeuillage de tomate. La démarche de valorisation industrielle de cette souche est en cours. Dans ce cadre, l’obtention d’un marqueur spécifique de la souche est demandée pour en garantir la protection industrielle, et pour la réalisation d’études de suivis (persistance, multiplication, propagation) dans l’environnement. Mais le développement et la validation d’un marqueur moléculaire spécifique de la souche antagoniste L13 nécessite dans un premier temps de disposer d’une collection de souches de M. dimerum.

Une telle collection a été réalisée à partir de la flore naturelle se développant sur plaies d’effeuillage saines dans 14 serres de tomates. Ces serres, plus ou moins infestées par B. cinerea, sont réparties sur le territoire national et sont conduites en agriculture conventionnelle ou biologique. Par serre, 100 échantillons de pétioles ont été prélevés. Des échantillons de sol ont également été prélevés sur deux sites. Après broyage, les suspensions contenant les pétioles et le sol ont été étalées sur milieu spécifique Fusarium (milieu Nash et Snyder). A partir de 750 fragments de pétiole traités (50 par serre) et des échantillons de sol, 23 colonies ayant des caractéristiques phénotypiques proches de M. dimerum ont été isolées. Les isolats sélectionnés ont ensuite été typés selon des critères morphologique macroscopiques sur milieu LPGA (couleur de la colonie) et microscopiques (taille et forme des macroconidies). Seulement sept isolats se sont révélés phénotypiquement très proches de L13.

La séquence de la région ITS de l’ADN ribosomique de ces souches ainsi que de 10 souches de Microdochium dimerum provenant de collections internationales (CBS, IMI, IP, PSU) a été réalisée. Un arbre phylogénique, basé sur le polymorphisme de la séquence ITS, a été établi à partir des séquences de ces souches et de séquences déposées dans des bases de données (EMBL, Genbank). L’arbre obtenu est structuré en trois groupes. Toutes les souches isolées en serre de tomate s’intègrent dans un groupe comprenant la souche L13 et la presque totalité des souches de l’espèce Microdochium dimerum. Ceci valide notre procédure d’isolement et d’identification d’isolats sur milieu spécifique et confirme l’appartenance de la souche L13 à l’espèce M. dimerum. Sur la base de la comparaison des séquences ITS de la souche antagoniste L13 et des souches de M. dimerum proches génétiquement, une zone spécifique à L13 a été identifiée et un couple d’amorces spécifiques de cette souche a été défini in silico. Le test de ces amorces par PCR n’a pas confirmé leur spécificité. Nous affinons actuellement les conditions de PCR afin de valider cette spécificité. En cas d’échec, nous envisageons de mettre en œuvre d’autres techniques moléculaires pour rechercher un marqueur spécifique de la souche antagoniste.



Poster n° 2


Y a-t-il un coût associé à la virulence vr9 chez la rouille jaune du blé ?

B. Bahri, M. Leconte, C. de Vallavieille-Pope, J. Enjalbert

INRA-INAPG, Epidémiologie Végétale et Ecologie des Populations, BP01, 78850 Thiverval-Grignon


Si les derniers modèles théoriques permettent d’expliquer le maintien du polymorphisme des gènes de résistance et de virulence sans recourir à un coût associé à ces gènes [1], l’existence d’un coût des virulences conserve un intérêt pratique dans la gestion des résistances. Un tel coût des virulences fait plutôt figure d’exception et malgré de nombreuses études, il n’a été démontré que dans de rares cas [2]. Cependant le coût de la virulence a pu être relié à la fonction de l’avirulence associée : plus cette fonction est importante pour la valeur sélective du parasite, et plus la virulence serait coûteuse et la résistance durable [2]. Afin de tester cette hypothèse, nous nous sommes attachés à mesurer la perte de valeur sélective imposée par l’acquisition d’une virulence (vr9) chez la rouille jaune du blé tendre, causée par Puccinia striiformis f.sp. tritici. Cette virulence est apparue en France en 1989 dans un pathotype possédant également la virulence vr6, mais ce pathotype n’a pas envahi la population française, malgré la présence de la double pression de sélection par les gènes de résistance Yr9 et Yr6. Pour tester l’existence d’un coût associé à l’acquisition de la virulence vr9, des expériences de compétition en conditions contrôlées et en plein champ ont été menées. Deux pathotypes ont été identifiés, ne différant que par la virulence vr9, ayant le même profil AFLP, et potentiellement issus l’un de l’autre par simple mutation. Deux isolats naturels par pathotype ont été sélectionnés pour leur grande proximité génétique (même profil AFLP). Les expérimentations ont été répétées 2 fois. Deux couples virulent/avirulent ont été constitués par un mélange 50/50 de spores. Dans la première expérience, les deux couples ont été cultivés pendant 5 générations sur 2 variétés sensibles (sans le gène de résistance Yr9) en conditions contrôlées. L’estimation des fréquences de virulence à chacune des 5 générations a montré pour un couple d’isolats un avantage sélectif de 20 % chez l’isolat avirulent, alors qu’aucune différence significative n’a été détectée pour l’autre couple. Dans l’expérience réalisée en plein champ, les mêmes mélanges de spores ont été inoculés fin mars et les fréquences de virulence estimées à la fin juin. Le comportement divergent des deux couples a été confirmé, avec cependant des évolutions de fréquences moins importantes. Face à ce résultat ambigu, l’hypothèse du coût des virulences, compensé chez certains isolats, et l’hypothèse alternative de variations indépendantes de l’agressivité (mutation délétère) sont discutées.

References:

[1]Thrall P.H., Burdon J.J. 2002. Evolution of gene-for-gene systems in metapopulations: the effect of spatial scale of host and pathogen dispersal. Plant Pathology 51, 169-184

[2]- Leach J., Vera Cruz C., Bai J. and Leung H. 2001. Pathogen fitness penalty as a predictor of durability of disease resistance genes. Annual Review of Phytopathology. 39, 187-224.



Poster n° 3


Sexualité versus clonalité dans les épidémies de mildiou de la vigne (Plasmopara viticola ) :  diversité et résistance aux Qois dans deux parcelles du champenois

F. Martinez (1,2), M.-L. Panon (3), F. Delmotte (1), W.-J. Chen (1), M. Raynal (2) et M.-F. Corio-Costet (1)

(1)UMR 1065, Santé végétale (INRA-ENITA), INRA-Bordeaux, BP81, 33883 Villenave d’Ornon
(2) ITV-Blanquefort, Bordeaux
(3) Comité interprofessionnel des vins de champagnes


Le mildiou de la vigne (Plasmopara viticola) introduit en 1878 est un oomycète biotrophe qui alterne des générations sexuées et asexuées et qui possède une grande aptitude d’adaptation à la pression fongicide.

Généralement les contaminations secondaires (multiplication clonale) sont décrites comme représentant le risque épidémique et l’ensemble des stratégies de lutte découle de ce postulat. Des résultats récents (Gobbin et al ., 2005) suggèrent que de nombreux génotypes seraient à l’origine du développement épidémique ce qui irait à l’encontre du postulat pré-cité.

A l’aide de marqueurs microsatellites et de marqueurs mitochondriaux (détectant deux haplotypes + les souches résistantes aux strobilurines (QOis)), nous avons évalué la diversité du mildiou  à trois dates sur  2 parcelles en Champagne présentant des épidémies différentes (une lente et une explosive) et suivi l’évolution de la résistance aux Qois en absence de traitement.

Les résultats montrent une faible diversité allélique, une grande variabilité génotypique au sein des deux populations (diversité moyenne= 0.96) et une absence globale de déséquilibre de liaison entre les locus microsatellites. La différenciation entre les deux parcelles est faible. Toutefois, au sein des parcelles on note une différenciation significative (Fst=0.014) et en particulier entre chaque date de prélèvement (Fst=0.024).Concernant la distribution des haplotypes mitochondriaux, nous observons des modifications temporelles de la distribution des différents haplotypes et nous notons une augmentation de la résistance aux Qois en fin de saison.

L’évolution différentes de la structure génétique sur les deux parcelles  peut être reliée à une différence de dynamique épidémique sur les deux sites : l’épidémie explosive résulterait d’une multiplication clonale de l’inoculum primaire combiné à un apport de nombreux nouveaux génotypes, tandis que l’épidémie plus lente correspondrait à une multiplication clonale. L’ensemble de ces résultats confirment ceux observés de l’équipe Suisse et nous permettent  avec les résultats obtenus sur l’évolution de la résistance de renforcer  l’hypothèse d’un rôle important de génotypes primaires d’origine exogène dans le cas d’épidémie explosive.

Références:

Gobbin  et al ., 2005, Plant pathol., 54 :522-524.



Poster n° 4


Diversité génétique des populations de Fusarium oxysporum pathogènes de la tomate

V. Edel-Hermann, A.-C. Falvo, N. Gautheron, C. Steinberg

UMR Microbiologie et Géochimie des Sols, INRA-Université de Bourgogne, CMSE, 17 rue Sully, BP 86510, 21065 Dijon Cedex


Fusarium oxysporum est un champignon d’origine tellurique très ubiquiste qui se développe en saprophyte dans les sols. Cette espèce fongique comprend des souches phytopathogènes responsables de fusarioses de nombreuses espèces végétales d’intérêt économique. Ces formes pathogènes montrent un très haut niveau de spécificité d’hôte et sont regroupées en formes spéciales (f. sp.) selon l’espèce végétale infectée. Deux formes spéciales différentes sont inféodées à la tomate : F. oxysporum f. sp. lycopersici provoque des trachéomycoses, alors que F. oxysporum f. sp. radicis-lycopersici engendre des nécroses racinaires. Seuls des biotests sur plantes permettent d’identifier ces deux formes spéciales et de les différencier des souches non pathogènes. Afin d’étudier la diversité génétique des populations pathogènes de la tomate, 130 souches de F. oxysporum isolées de tomates ou de sol ont été analysées en utilisant des méthodes de référence basées sur (i) des biotests en serres pour évaluer leur pouvoir pathogène, (ii) des tests de compatibilité végétative permettant de regrouper les souches capables de former des hétérocaryons en VCG (vegetative compatibility groups), et (iii) des analyses du polymorphisme de longueur des fragments de restriction (RFLP) de la région IGS (intergenic spacer) de l’ADN ribosomique amplifiée par PCR, permettant de regrouper les souches en types IGS. Parallèlement, la méthode d’AFLP (amplified fragment length polymorphism) a été développée afin de permettre une discrimination plus fine des souches, et de rechercher des marqueurs moléculaires spécifiques des VCG. En effet, la détermination des VCG constitue jusqu’ici une méthode de référence pour la caractérisation de F. oxysporum mais reste très lourde à mettre en œuvre. L’analyse de 130 souches pathogènes et non pathogènes a révélé une bonne corrélation entre les VCG et la diversité moléculaire. Les VCG constituent des sous-groupes à l’intérieur des types IGS. La comparaison des profils d’AFLP a mis en évidence la proximité génétique des souches appartenant à un même VCG. Elle permet également de comparer les souches appartenant à des VCG différents. Tous les VCG d’une même forme spéciale ne sont pas regroupés par l’analyse moléculaire, confirmant ainsi le caractère polyphylétique des formes spéciales lycopersici et radicis-lycopersici. L’analyse d’AFLP a révélé un grand nombre de marqueurs moléculaires et suggère qu’il sera possible d’identifier des marqueurs spécifiques des VCG regroupant les souches pathogènes de la tomate.



Poster n° 5


Etude de la structure génétique des populations de Botrytis cinerea du vignoble Bordelais

M. Fermaud (1), R. Marini (1), F. Martinez (1), F. Delmotte (1)

(1) Santé Végétale INRA-ENITAB, 71, av. E. Bourlaux, BP 81, 33883 Villenave d’Ornon. (e-mail : fermaud@pop.bordeaux.inra.fr)


Botrytis cinerea (forme télomorphe : Botryotinia fuckeliana, ascomycète) est un champignon filamenteux, haploïde, à la frontière du saprophytisme et du parasitisme [1]. Il est responsable de la pourriture grise de la Vigne. Les épidémies se développent sur les baies en maturation et occasionnent d’importants dégâts quantitatifs et qualitatifs (difficultés de vinification, altérations organoleptiques et moindre aptitude au vieillissement des vins…). Sur fond de très grande diversité phénotypique et génotypique, cette espèce polyphage est constituée, notamment au vignoble, de plusieurs entités génétiques différenciées. Cette étude met en relation cette structuration intraspécifique (group I, groupII-vacuma, groupII-transposa) avec la structuration génétique neutre évaluée grâce à huit marqueurs microsatellites. Le phénotype des souches est également intégré en considérant la diversité morphologique des colonies in vitro sur milieu artificiel gélosé [2]. L’analyse est réalisée sur 300 isolats monospores issus de dix parcelles de Vigne échantillonnées en 2004 sur un même cépage (Merlot noir), non traitées par des fongicides spécifiques anti-Botrytis, et toutes situées en Gironde. Elle permet de décrire la distribution spatiale de la variabilité génétique et morphologique à l’échelle de ce département viticole. L’importance relative de la reproduction sexuée et asexuée, les hypothèses d’isolement par la distance et d’existence de barrières géographiques aux flux de gènes (rivières Garonne et Dordogne, en particulier) sont testées et discutées.

Références :

MARTINEZ F., DUBOS B., FERMAUD M., 2005. The role of saprotrophy and virulence in the population dynamics of B. cinerea in vineyards. Phytopathology, 95 : 692-700. 

MARTINEZ F., BLANCARD D., LECOMTE P., LEVIS C., DUBOS B., FERMAUD M., 2003. Phenotypic differences between vacuma and transposa subpopulations of B. cinerea. European Journal Plant Pathology. 109 (5), 479-488.



Poster n° 6


A la recherche d'indicateurs de la qualité biologique des sols : suivi de descripteurs physico-chimiques, nématologiques et microbiens

C. Janvier (1,2), C. Steinberg (2), F. Villeneuve (1), V. Edel-Hermann (2), T. Mateille (3), J. Thioulouse (4), C. Alabouvette (2)

(1) CTIFL, Centre de Lanxade, BP21, 24130 La Force
(2) UMR Microbiologie et Géochimie des Sols, INRA - Université de Bourgogne, CMSE, 17, rue Sully, 21065 Dijon
(3) IRD - UMR CBGP, CS 30016; 34398 Montferriez-sur-Lez
(4) UMR CNRS 5558, Université Lyon 1, Bât. G Mendel, 69622 Villerubanne Cedex


L'objectif de cette étude est d'établir les relations existant entres différents descripteurs et la réceptivité d'un sol aux maladies, afin d'identifier des indicateurs potentiels de la qualité biologique des sols.

Trois pratiques culturales ont été appliquées dans un champ expérimental avant une culture de carottes. La première sous-parcelle, témoin (Té), a été conduite en agriculture raisonnée. La seconde (MO) a reçu un amendement organique sous forme de fumier de bovin composté. Une biodésinfection avec culture et incorporation de radis fourrager a été mise en place sur la dernière sous-parcelle (Bd). Vingt et un points ont été échantillonnés dans chaque sous-parcelle à 3 moments clés de la culture : avant le traitement, avant et après la culture de carottes. Ce dispositif a été suivi pendant 2 années complètes.

Différents paramètres ont été analysés : des caractéristiques physico-chimiques (C, N, matière organique, pH, CEC, teneurs en ions et oligo-éléments) et des caractéristiques biologiques :

-densités de bactéries et champignons cultivables et des populations de nématodes phytoparasites

-biomasse microbienne et respiration basale

-structure des communautés bactériennes et fongiques par T-RFLP (Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism) sur l'ADNr 16S ou 18S, et des populations de nématodes par méthode classique d'isolement et identification.

Parallèlement, la réceptivité du sol aux fontes de semis dues à Rhizoctonia solani a été mesurée lors d'un essai biologique.

Les différents jeux de données ont été analysés par Analyse en Composantes Principales.

Avant l'application des traitements, les caractéristiques du sol étaient très similaires dans les 3 sous-parcelles. La biodésinfection a entraîné, lors des 2 années de traitement, une augmentation significative des densités microbiennes, de la biomasse microbienne et de la respiration du sol. Cette pratique a aussi significativement diminué la réceptivité du sol aux fontes de semis dues à R. solani sur plantules de carottes. L'amendement organique et la biodésinfection ont modifié la structure des communautés (bactéries, champignons et nématodes). Des ACP intra- et inter-classes permettent de distinguer l'effet des traitements et l'effet de la saison de prélèvement.

Des analyses de co-inertie sur la base de données ainsi créée permettront de proposer une palette d'indicateurs de la qualité biologique, et plus particulièrement phytosanitaire, des sols.



Poster n° 7


Analyse par AFLP de la diversité génétique de Phaeomoniella chlamydospora impliqué dans les maladies de dépérissement de la vigne

G. Louvet
(1), E. Moneva, F. Delmotte (1), P. Larignon (2), M.-F. Corio-Costet (1)

(1) INRA Bordeaux, UMR Santé végétale, 71 av. Edouard Bourleaux, BP 81, 33883 Villenave d'Ornon Cedex
(2) ITV Languedoc-Roussillon, Domaine de Donadille, 30230 Rodilhan


L’esca est un symptôme de dépérissement de la vigne très complexe dont les causes ne sont pas encore complètement élucidées. Ce syndrome est caractérisé par la présence de symptômes foliaires et de nécroses brunes et/ou ponctuations noires ou de pourriture blanche à l’intérieur du cep. De nombreux champignons ont été décrits comme étant associés à ces nécroses. Parmi ces champignons, Phaeomoniella chlamydospora (Pch) est considéré comme un des champignons pionniers facilitant ensuite l’installation d’autres champignons. Les structures de reproduction asexuée (pycnides) se forment sur les plaies de tailles âgées ou dans des zones de craquelure du bois. Les spores libérées sont ensuite disséminées par l’eau et le vent pendant la période hivernale. Ce champignon endophyte peut aussi être présent dans les bois d’un an des vignes mères et pourrait donc se propager par les bois de porte-greffe et de greffon lors de l’élaboration des plants en pépinière. Sa présence a en effet été détectée à différentes étapes de la préparation des plants. Ce champignon est considéré comme se propageant uniquement par reproduction asexuée puisque aucune structure de reproduction sexuée n’a été observée au vignoble et par conséquent la forme sexuée de ce champignon n’est pas connue. Une étude de la diversité génétique de Pch par AFLP a été initiée afin de faire progresser les connaissances sur ce champignon et à terme de tester différentes hypothèses pour identifier le mode de contamination, l’origine de l’inoculum primaire et le mode de reproduction de ce champignon. 83 souches de Pch provenant de trois régions françaises (Alsace, Cognac et Sud-ouest) collectées en 1997, sont utilisées pour cette étude. La sélection de 10 couples d’amorces a permis la mise en évidence de 52 locus polymorphes potentiellement utilisables. Les premiers résultats indiquent une diversité faible et l’absence de structure des populations pour les trois régions testées, donc une importante dispersion de ces champignons pouvant être compatible avec l’hypothèse d’une contamination des plants dès la pépinière. Un déséquilibre de liaison significatif a été détecté pour deux des régions étudiées indiquant que les recombinaisons au sein des populations sont rares ou absentes. La reproduction de ce champignon semble donc être majoritairement asexuée. Nos premiers résultats montrent donc que l’étude de la diversité de ce champignon par AFLP permet de tester des hypothèses sur le mode de reproduction et l’origine de l’inoculum primaire. Un échantillonnage adapté à cette étude provenant de différentes pépinières du Sud-est est actuellement en cours de réalisation.



Poster n° 8


La survie hivernale de Phytophthora infestans, agent du mildiou de la pomme de terre, entraîne-t-elle une contre sélection des souches les plus agressives ?

J. Montarry, R. Corbière, D. Andrivon

UMR BiO3P, INRA Rennes, Domaine de la Motte, BP 35327, 35653 Le Rheu Cedex


L’évolution des populations pathogènes est fortement dépendante de la sélection imposée par les plantes hôtes pendant les épidémies, mais la compréhension des phénomènes de sélection imposés à ces populations entre les épidémies est indispensable pour appréhender dans sa globalité le fonctionnement des pathosystèmes. Les conséquences évolutives de la présence ou de l’absence d’une sélection sont tout aussi importantes entre les épidémies qu’au cours des épidémies elles-mêmes. Si une population pathogène n’est soumise à aucune contre-sélection sur l’agressivité, le niveau moyen de pathogénicité dans cette population va en effet tendre à croître régulièrement au cours du temps.

En France, où la reproduction sexuée n’est que très rarement observée, l'hivernage de Phytophthora infestans se produit essentiellement sous forme de mycélium présent dans les tubercules infectés restant dans les sols et dans les tas de déchets laissés à proximité des champs cultivés. Dans cette situation, on peut supposer que les souches les plus agressives font pourrir plus rapidement les tubercules qui leur permettent de survivre pendant l’hiver, ce qui entraînerait leur contre-sélection.

Nous avons donc cherché ici à déterminer si la survie des souches de P. infestans pendant la période hivernale est dépendante de leur agressivité ou si elle se fait aléatoirement. Afin de tester cette hypothèse, des lots de tubercules, inoculés avec des souches d’agressivité connue (période de latence, taille de lésions et capacité de sporulation), ont été placés après la récolte (octobre 2004) en tas individualisés dans trois sites (Finistère, Ille-et-Vilaine et Pas-de-Calais) représentant trois conditions hivernales différentes.

La survie des tubercules (capacité à germer), notée en avril 2005, ne révèle aucune différence entre les lots inoculés avec les souches faiblement agressives, moyennement agressives ou fortement agressives. Seuls les lots témoins, constitués de tubercules non-inoculés, présentent un taux de survie supérieur. Notons que la survie des tubercules s’est avérée meilleure dans des conditions hivernales peu contrastées (douceurs des côtes bretonnes ou froid persistant du nord de la France) que dans des conditions hivernales alternant périodes douces et gels (Rennes). 

Les résultats obtenus indiquent donc que la survie de P. infestans durant l’hiver semble indépendante du niveau d’agressivité des souches. Il est possible que ce résultat explique, au moins en partie, l’augmentation récente d’agressivité des populations européennes.



Poster n° 9


Diversité génétique et fonctionnelle du champignon mycorhizien éricoïde résistant aux métaux lourd Oidiodendron maius

C. Murat (1), E. Martino (1), M. Vallino (1), M. Pitet (1), S. Picarella (1), E. Zampieri (1), E. Portis (2), S. Perotto (1)

(1) Dipartimento Biologia Vegetale, Università degli Studi di Torino, Viale Mattioli 20, 10125 Torino, ITALIE
(2) Di.Va P.R.A. Plant Genetics and Breeding, University of Turin, via L. da Vinci 44, I-10095 Grugliasco, Torino, ITALIE


L’émission dans les écosystèmes terrestres d’une quantité croissante de métaux lourds liés à l’activité humaine représente une cause principale de pollution. Toutefois, les métaux lourds peuvent aussi avoir une origine naturelle dans certains types de sols comme dans le cas des roches serpentines, qui sont à l’origine de fortes concentrations en Chrome et Nickel. Ces contaminants ont des effets négatifs sur la microflore du sol, mais certains micro-organismes sont en grade de survivre en présence d’une concentration élevée de ces métaux. Parmi ceux-ci, des isolats du champignon mycorrhizien ericoïde Oidiodendron maius (O. maius Zn et O. maius Cd), isolés dans des sols ayant subi une contamination industrielle en Zinc et Cadmium, sont étudiés au sein de notre laboratoire depuis plusieurs années. Il a été montré que ces isolats présentent une meilleure croissance en présence de Zinc et Cadmium par rapport à des isolats provenant de sols non contaminés. L’objectif de notre étude est de mieux connaître la diversité génétique et fonctionnelle de l’espèce fongique O. maius. Pour cela, nous avons sélectionné un site, formé de roches serpentines, du parc naturel du Mont Avic (vallée d’Aoste, Italie). L’analyse physico-chimique a confirmé la contamination de ce site par le Chrome et le Nickel. Les échantillons fongiques ont été isolés à partir d’apex racinaires de myrtilles (Vaccinium myrtillus). La diversité génétique a été analysée sur les échantillons du Mont-Avic et sur des isolats déjà présents au laboratoire (O. maius Zn et O. maius Cd) (i) par séquençage de la région ITS de l’ADN ribosomal ; (ii) par séquençage d’un marqueur fonctionnel : la région 5’ du gène de la Superoxydedismutase (SOD) et (iii) par AFLP avec 4 combinaisons différentes de primers. La diversité fonctionnelle de ces isolats a été évaluée en testant leur croissance en présence de Chrome et de Nickel.Parmi les différents isolats du Mont-Avic 15 ont été sélectionnés en se basant sur leurs caractéristiques morphologiques typique d’O. maius. Le séquençage de la région ITS a confirmé leur appartenance à cette espèce et a mis en évidence trois haplotypes. De même, trois haplotypes ont aussi été identifiés par le séquençage de la région 5’ de la SOD. L’analyse AFLP a montré une importante diversité  génétique au sein de cette population et a permis l’identification de 11 génets. En fait, le séquençage de l’ITS, de la SOD et l’analyse AFLP a mis en évidence trois groupes au sein des isolats du Mont-Avic. Enfin, les échantillons 5*L3 du Mont-Avic, O. maius Zn et O. maius Cd se caractérisent par une plus importante diversité génétique.Les tests de croissance en présence et absence de Chrome et de Nickel ont mis en évidence plusieurs isolats présentant une bonne croissance en présence de ces contaminants. Parmi ceux-ci, l’isolat 5*L3 s’est révélé un des plus résistant. Un test de croissance de plantes de myrtilles mycorrhizées et non- mycorrhizées par 5*L3 montre que ce champignon augmente la résistance de ces plantes au Chrome, probablement par un mécanisme d’exclusion. D’autre part, les isolats O. maius Zn et O. maius Cd (qui sont résistants au Zinc et au Cadmium) ne présentent pas une bonne croissance en présence de Chrome et de Nickel, indiquant ainsi une adaptation liée au métal sur lequel les champignons sont isolés. Il y aurait donc différents mécanismes de résistance en fonction des différents métaux lourds.




Poster n° 10


Etude morphologique et enzymatique d’Ascochyta rabiei

N. Karkachi (1), S. Gharbi (1), M. Kihal (1),  M. Labdi (2), J.-E. Henn (1)

(1) Université d’Oran es-sénia, Faculté des Sciences - Département de Biologie, Laboratoire de Phytophathologie, Oran, ALGERIE
(2) Institut National de la Recherche Agronomique de Sidi Bel Abbess, ALGERIE


L’anthracnose du pois chiche (Cicer arietinum L), due à Ascochyta rabiei, est la maladie fongique la plus redoutable pour cette culture. Cette maladie est difficilement contrôlable et ses épidémies peuvent  causer la perte totale du rendement. Ascochyta rabiei est en effet un champignon qui présente une grande variabilité morphologique et pathologique.  Dans notre étude nous nous sommes intéressés en premier temps sur la caractérisation biométrique du champignon, son pouvoir pathogène et l’étude quelques activités enzymatiques par dosages des sucres réducteurs et en deuxième temps l’étude du polymorphisme de cinq systèmes enzymatiques (Estérase, Phosphatase acide, Leucine aminopeptidase, Phospho-glucose isomérase) par la technique électrophorétique a montré des différences entre les deux isolats.  L’étude de la variabilité morphologique des deux isolats (Y, H) a montré une différence de croissance sur les cinq milieux de culture utilisée, on note que la croissance sur le milieu farine de pois chiche ait le milieu proche du milieu naturel du pathogène du moment que la croissance été plus importante. Par ailleurs l’activité enzymatique a montré que les deux isolats ont produit l’enzyme PME sur milieu Mathur avec et sans pectine, de même en ce qui concerne l’enzyme PG été faible chez l’isolat H sur le milieu Mathur avec pectine et nulle sans pectine.

Mots clés : Ascochyta rabiei, Pois chiche, Anthracnose, enzymes pectiques, électrophorèse, isoenzyme