Session : Taxonomie, Phylogénie et Génétique des Populations
Poster
n° 1
Recherche
d’un marqueur moléculaire de la souche L13 de Microdochium
dimerum, agent de lutte biologique contre Botrytis
cinerea sur tomate
D.
Andurand, M. Bardin, P. Ladvie, A. Buffière, C. Troulet, P. Nicot
INRA Centre
d’Avignon, Unité de Pathologie Végétale, Domaine Saint Maurice, BP94, 84143
Montfavet Cedex
Actuellement,
peu de produits biologiques sont commercialisés dans le monde pour protéger
la tomate contre B. cinerea.
Dans le cadre du développement de méthodes de lutte biologique, la souche
L13 de Microdochum dimerum,
isolée par notre équipe, a montré un fort
potentiel agronomique pour la lutte anti-botrytis sur plaies
d’effeuillage de tomate. La démarche de valorisation industrielle de cette
souche est en cours. Dans ce cadre, l’obtention d’un marqueur spécifique de
la souche est demandée pour en garantir la protection industrielle, et pour la réalisation d’études de suivis (persistance,
multiplication, propagation) dans
l’environnement. Mais le développement et la validation d’un marqueur
moléculaire spécifique de la souche antagoniste L13 nécessite dans un premier
temps de disposer d’une collection de souches de M. dimerum.
Une telle collection
a été réalisée à partir de la flore naturelle se développant sur plaies d’effeuillage
saines dans 14 serres de tomates. Ces serres, plus ou moins infestées par
B. cinerea, sont réparties sur le territoire
national et sont conduites en agriculture conventionnelle ou biologique. Par
serre, 100 échantillons de pétioles ont été prélevés. Des échantillons de
sol ont également été prélevés sur deux sites. Après broyage, les suspensions
contenant les pétioles et le sol ont été étalées sur milieu spécifique Fusarium
(milieu Nash et Snyder). A partir de 750 fragments de pétiole traités
(50 par serre) et des échantillons de sol, 23 colonies ayant des caractéristiques
phénotypiques proches de M. dimerum ont été
isolées. Les isolats sélectionnés ont ensuite été typés selon des critères
morphologique macroscopiques sur milieu LPGA (couleur de la colonie) et microscopiques
(taille et forme des macroconidies). Seulement sept
isolats se sont révélés phénotypiquement très proches de L13.
La séquence de
la région ITS de l’ADN ribosomique de ces souches
ainsi que de 10 souches de Microdochium dimerum provenant de collections internationales (CBS,
IMI, IP, PSU) a été réalisée. Un arbre phylogénique, basé sur le polymorphisme
de la séquence ITS, a été établi à partir des séquences de ces souches et
de séquences déposées dans des bases de données (EMBL, Genbank).
L’arbre obtenu est structuré en trois groupes. Toutes les souches isolées
en serre de tomate s’intègrent dans un groupe comprenant la souche L13 et
la presque totalité des souches de l’espèce Microdochium dimerum. Ceci valide notre procédure d’isolement
et d’identification d’isolats sur milieu spécifique et confirme l’appartenance
de la souche L13 à l’espèce M. dimerum. Sur
la base de la comparaison des séquences ITS de la souche antagoniste
L13 et des souches de M. dimerum proches
génétiquement, une zone spécifique à L13 a été identifiée et un couple d’amorces
spécifiques de cette souche a été défini in silico.
Le test de ces amorces par PCR n’a pas confirmé leur spécificité. Nous affinons
actuellement les conditions de PCR afin de valider cette spécificité. En cas
d’échec, nous envisageons de mettre en œuvre d’autres techniques moléculaires
pour rechercher un marqueur spécifique de la souche antagoniste.
Poster n°
2
Y a-t-il un
coût associé à la virulence vr9 chez la rouille jaune du blé ?
B. Bahri, M. Leconte, C. de Vallavieille-Pope, J. Enjalbert
INRA-INAPG, Epidémiologie Végétale et Ecologie des Populations,
BP01, 78850 Thiverval-Grignon
Si les derniers modèles
théoriques permettent d’expliquer le maintien du polymorphisme des gènes de
résistance et de virulence sans recourir à un coût associé à ces gènes [1],
l’existence d’un coût des virulences conserve un intérêt pratique dans la
gestion des résistances. Un tel coût des virulences fait plutôt figure d’exception
et malgré de nombreuses études, il n’a été démontré que dans de rares cas
[2]. Cependant le coût de la virulence a pu être relié à la fonction de l’avirulence
associée : plus cette fonction est importante pour la valeur sélective
du parasite, et plus la virulence serait coûteuse et la résistance durable
[2]. Afin de tester cette hypothèse, nous nous sommes attachés à mesurer la
perte de valeur sélective imposée par l’acquisition d’une virulence (vr9)
chez la rouille jaune du blé tendre, causée par Puccinia striiformis
f.sp. tritici.
Cette virulence est apparue en France en 1989 dans un pathotype
possédant également la virulence vr6, mais ce pathotype
n’a pas envahi la population française, malgré la présence de la double pression
de sélection par les gènes de résistance Yr9 et Yr6. Pour tester l’existence
d’un coût associé à l’acquisition de la virulence vr9, des expériences de
compétition en conditions contrôlées et en plein champ ont été menées. Deux
pathotypes ont été identifiés, ne différant que par la virulence
vr9, ayant le même profil AFLP, et potentiellement issus l’un de l’autre par
simple mutation. Deux isolats naturels par pathotype
ont été sélectionnés pour leur grande proximité génétique (même profil AFLP).
Les expérimentations ont été répétées 2 fois. Deux couples virulent/avirulent ont été constitués par un mélange 50/50 de spores.
Dans la première expérience, les deux couples ont été cultivés pendant 5 générations
sur 2 variétés sensibles (sans le gène de résistance Yr9) en conditions contrôlées.
L’estimation des fréquences de virulence à chacune des 5 générations a montré
pour un couple d’isolats un avantage sélectif de 20 % chez l’isolat avirulent,
alors qu’aucune différence significative n’a été détectée pour l’autre couple.
Dans l’expérience réalisée en plein champ, les mêmes mélanges de spores ont
été inoculés fin mars et les fréquences de virulence estimées à la fin juin.
Le comportement divergent des deux couples a été confirmé, avec cependant
des évolutions de fréquences moins importantes. Face à ce résultat ambigu,
l’hypothèse du coût des virulences, compensé chez certains isolats, et l’hypothèse
alternative de variations indépendantes de l’agressivité (mutation délétère)
sont discutées.
References:
[1]Thrall P.H., Burdon J.J. 2002.
Evolution of gene-for-gene systems in metapopulations:
the effect of spatial scale of host and pathogen dispersal. Plant Pathology
51, 169-184
[2]- Leach J., Vera Cruz C., Bai J. and Leung H. 2001. Pathogen fitness
penalty as a predictor of durability of disease resistance genes. Annual Review of Phytopathology.
39, 187-224.
Poster n°
3
Sexualité versus clonalité
dans les épidémies de mildiou de la vigne (Plasmopara viticola ) : diversité et résistance aux Qois dans deux parcelles du champenois
F.
Martinez (1,2), M.-L. Panon (3), F. Delmotte
(1), W.-J. Chen (1), M. Raynal (2) et M.-F.
Corio-Costet (1)
(1)UMR 1065,
Santé végétale (INRA-ENITA), INRA-Bordeaux, BP81,
33883 Villenave d’Ornon
(2) ITV-Blanquefort, Bordeaux
(3) Comité interprofessionnel des vins de champagnes
Le
mildiou de la vigne (Plasmopara viticola)
introduit en 1878 est un oomycète biotrophe qui
alterne des générations sexuées et asexuées et qui possède une grande aptitude
d’adaptation à la pression fongicide.
Généralement les
contaminations secondaires (multiplication clonale) sont décrites comme représentant
le risque épidémique et l’ensemble des stratégies de lutte découle de ce postulat.
Des résultats récents (Gobbin et al .,
2005) suggèrent que de nombreux génotypes seraient à l’origine du développement
épidémique ce qui irait à l’encontre du postulat pré-cité.
A l’aide de marqueurs
microsatellites et de marqueurs mitochondriaux (détectant deux haplotypes + les souches résistantes aux strobilurines (QOis)), nous avons
évalué la diversité du mildiou à trois
dates sur 2 parcelles en Champagne
présentant des épidémies différentes (une lente et une explosive) et suivi
l’évolution de la résistance aux Qois en absence
de traitement.
Les résultats
montrent une faible diversité allélique, une grande
variabilité génotypique au sein des deux populations (diversité moyenne= 0.96)
et une absence globale de déséquilibre de liaison entre les locus microsatellites.
La différenciation entre les deux parcelles est faible. Toutefois, au sein
des parcelles on note une différenciation significative (Fst=0.014) et en particulier entre chaque date de prélèvement
(Fst=0.024).Concernant la distribution des haplotypes
mitochondriaux, nous observons des modifications temporelles de la distribution
des différents haplotypes et nous notons une augmentation
de la résistance aux Qois en fin de saison.
L’évolution différentes
de la structure génétique sur les deux parcelles peut être reliée à une différence de dynamique
épidémique sur les deux sites : l’épidémie explosive résulterait d’une
multiplication clonale de l’inoculum primaire combiné à un apport de nombreux
nouveaux génotypes, tandis que l’épidémie plus lente correspondrait à une
multiplication clonale. L’ensemble de ces résultats confirment ceux observés
de l’équipe Suisse et nous permettent avec
les résultats obtenus sur l’évolution de la résistance de renforcer
l’hypothèse d’un rôle important de génotypes primaires d’origine exogène
dans le cas d’épidémie explosive.
Références:
Gobbin et al .,
2005, Plant pathol., 54 :522-524.
Poster n°
4
Diversité génétique des populations de Fusarium oxysporum pathogènes de la tomate
V. Edel-Hermann, A.-C. Falvo, N. Gautheron, C. Steinberg
UMR Microbiologie
et Géochimie des Sols, INRA-Université de Bourgogne,
CMSE, 17 rue Sully, BP 86510, 21065 Dijon Cedex
Fusarium oxysporum est un champignon
d’origine tellurique très ubiquiste qui se développe en saprophyte dans les
sols. Cette espèce fongique comprend des souches phytopathogènes
responsables de fusarioses de nombreuses espèces végétales d’intérêt économique.
Ces formes pathogènes montrent un très haut niveau de spécificité d’hôte et
sont regroupées en formes spéciales (f. sp.) selon l’espèce végétale infectée.
Deux formes spéciales différentes sont inféodées à la tomate : F. oxysporum f.
sp. lycopersici provoque des trachéomycoses,
alors que F. oxysporum
f. sp. radicis-lycopersici engendre des nécroses racinaires. Seuls
des biotests sur plantes permettent d’identifier
ces deux formes spéciales et de les différencier des souches non pathogènes.
Afin d’étudier la diversité génétique des populations pathogènes de la tomate,
130 souches de F. oxysporum
isolées de tomates ou de sol ont été analysées en utilisant des méthodes
de référence basées sur (i) des biotests en serres
pour évaluer leur pouvoir pathogène, (ii) des tests
de compatibilité végétative permettant de regrouper les souches capables de
former des hétérocaryons en VCG (vegetative
compatibility groups), et (iii) des analyses du
polymorphisme de longueur des fragments de restriction (RFLP) de la région
IGS (intergenic spacer)
de l’ADN ribosomique amplifiée par PCR, permettant
de regrouper les souches en types IGS. Parallèlement, la méthode d’AFLP (amplified fragment length polymorphism) a été développée
afin de permettre une discrimination plus fine des souches, et de rechercher
des marqueurs moléculaires spécifiques des VCG. En effet, la détermination
des VCG constitue jusqu’ici une méthode de référence pour la caractérisation
de F. oxysporum
mais reste très lourde à mettre en œuvre. L’analyse de 130 souches pathogènes
et non pathogènes a révélé une bonne corrélation entre les VCG et la diversité
moléculaire. Les VCG constituent des sous-groupes à l’intérieur des types
IGS. La comparaison des profils d’AFLP a mis en
évidence la proximité génétique des souches appartenant à un même VCG. Elle
permet également de comparer les souches appartenant à des VCG différents.
Tous les VCG d’une même forme spéciale ne sont pas regroupés par l’analyse
moléculaire, confirmant ainsi le caractère polyphylétique des formes spéciales
lycopersici et radicis-lycopersici. L’analyse d’AFLP
a révélé un grand nombre de marqueurs moléculaires et suggère qu’il sera possible
d’identifier des marqueurs spécifiques des VCG regroupant les souches pathogènes
de la tomate.
Poster n°
5
Etude de la structure génétique des populations
de Botrytis cinerea du vignoble Bordelais
M.
Fermaud (1), R. Marini (1), F. Martinez (1), F.
Delmotte (1)
(1)
Santé Végétale INRA-ENITAB, 71, av. E. Bourlaux,
BP 81, 33883 Villenave d’Ornon. (e-mail : fermaud@pop.bordeaux.inra.fr)
Botrytis cinerea
(forme télomorphe : Botryotinia
fuckeliana, ascomycète) est un champignon filamenteux,
haploïde, à la frontière du saprophytisme et du parasitisme [1]. Il est responsable
de la pourriture grise de la Vigne. Les épidémies se développent sur les baies
en maturation et occasionnent d’importants dégâts quantitatifs et qualitatifs
(difficultés de vinification, altérations organoleptiques et moindre aptitude
au vieillissement des vins…). Sur fond de très grande diversité phénotypique
et génotypique, cette espèce polyphage est constituée,
notamment au vignoble, de plusieurs
entités génétiques différenciées. Cette étude met en relation cette structuration
intraspécifique (group I, groupII-vacuma,
groupII-transposa) avec la structuration
génétique neutre évaluée grâce à huit marqueurs microsatellites. Le phénotype
des souches est également intégré en considérant la diversité morphologique
des colonies in vitro sur milieu artificiel gélosé [2]. L’analyse est
réalisée sur 300 isolats monospores issus de dix parcelles de Vigne échantillonnées
en 2004 sur un même cépage (Merlot noir), non traitées par des fongicides
spécifiques anti-Botrytis, et toutes situées en Gironde. Elle permet
de décrire la distribution spatiale de la variabilité génétique et morphologique
à l’échelle de ce département viticole. L’importance relative de la reproduction
sexuée et asexuée, les hypothèses d’isolement par la distance et d’existence
de barrières géographiques aux flux de gènes (rivières Garonne et Dordogne,
en particulier) sont testées et discutées.
Références :
MARTINEZ F., DUBOS
B., FERMAUD M., 2005. The role of saprotrophy and virulence in the
population dynamics of B. cinerea in vineyards. Phytopathology,
95 : 692-700.
MARTINEZ F., BLANCARD D., LECOMTE P., LEVIS C., DUBOS B., FERMAUD M., 2003. Phenotypic differences between vacuma
and transposa subpopulations of B. cinerea. European Journal Plant
Pathology. 109 (5), 479-488.
Poster n°
6
A la recherche
d'indicateurs de la qualité biologique des sols : suivi de descripteurs physico-chimiques,
nématologiques et microbiens
C.
Janvier (1,2), C. Steinberg
(2), F. Villeneuve (1), V. Edel-Hermann (2), T.
Mateille (3), J. Thioulouse
(4), C. Alabouvette (2)
(1) CTIFL,
Centre de Lanxade, BP21, 24130 La Force
(2) UMR Microbiologie et Géochimie des Sols, INRA - Université
de Bourgogne, CMSE, 17, rue Sully, 21065 Dijon
(3) IRD - UMR CBGP, CS 30016; 34398 Montferriez-sur-Lez
(4) UMR CNRS 5558, Université Lyon 1, Bât. G Mendel, 69622 Villerubanne
Cedex
L'objectif
de cette étude est d'établir les relations existant entres différents descripteurs
et la réceptivité d'un sol aux maladies, afin d'identifier des indicateurs
potentiels de la qualité biologique des sols.
Trois pratiques
culturales ont été appliquées dans un champ expérimental avant une culture
de carottes. La première sous-parcelle, témoin (Té),
a été conduite en agriculture raisonnée. La seconde (MO) a reçu un amendement
organique sous forme de fumier de bovin composté. Une biodésinfection
avec culture et incorporation de radis fourrager a été mise en place sur la
dernière sous-parcelle (Bd). Vingt et un points
ont été échantillonnés dans chaque sous-parcelle
à 3 moments clés de la culture : avant le traitement, avant et après la culture
de carottes. Ce dispositif a été suivi pendant 2 années complètes.
Différents paramètres
ont été analysés : des caractéristiques physico-chimiques (C, N, matière organique,
pH, CEC, teneurs en ions et oligo-éléments) et des caractéristiques biologiques
:
-densités de bactéries
et champignons cultivables et des populations de nématodes phytoparasites
-biomasse microbienne
et respiration basale
-structure des
communautés bactériennes et fongiques par T-RFLP (Terminal-Restriction
Fragment Length Polymorphism)
sur l'ADNr 16S ou 18S, et des populations de nématodes
par méthode classique d'isolement et identification.
Parallèlement,
la réceptivité du sol aux fontes de semis dues à Rhizoctonia
solani a été mesurée lors d'un essai biologique.
Les différents
jeux de données ont été analysés par Analyse en Composantes Principales.
Avant l'application
des traitements, les caractéristiques du sol étaient très similaires dans
les 3 sous-parcelles. La biodésinfection a entraîné, lors des 2 années de traitement,
une augmentation significative des densités microbiennes, de la biomasse microbienne
et de la respiration du sol. Cette pratique a aussi significativement diminué
la réceptivité du sol aux fontes de semis dues à R. solani
sur plantules de carottes. L'amendement organique et la biodésinfection
ont modifié la structure des communautés (bactéries, champignons et nématodes).
Des ACP intra- et inter-classes permettent de distinguer
l'effet des traitements et l'effet de la saison de prélèvement.
Des analyses de
co-inertie sur la base de données ainsi créée permettront de proposer une
palette d'indicateurs de la qualité biologique, et plus particulièrement phytosanitaire,
des sols.
Poster n°
7
Analyse
par AFLP de la diversité génétique de Phaeomoniella
chlamydospora impliqué dans les maladies de dépérissement
de la vigne
G.
Louvet (1), E. Moneva, F. Delmotte (1), P. Larignon (2), M.-F. Corio-Costet
(1)
(1) INRA
Bordeaux, UMR Santé végétale, 71 av. Edouard Bourleaux,
BP 81, 33883 Villenave d'Ornon
Cedex
(2) ITV Languedoc-Roussillon, Domaine de Donadille, 30230 Rodilhan
L’esca est un symptôme de dépérissement de la vigne très complexe
dont les causes ne sont pas encore complètement élucidées. Ce syndrome est
caractérisé par la présence de symptômes foliaires et de nécroses brunes et/ou
ponctuations noires ou de pourriture blanche à l’intérieur du cep. De nombreux
champignons ont été décrits comme étant associés à ces nécroses. Parmi ces
champignons, Phaeomoniella chlamydospora (Pch) est
considéré comme un des champignons pionniers facilitant ensuite l’installation
d’autres champignons. Les structures de reproduction asexuée (pycnides) se
forment sur les plaies de tailles âgées ou dans des zones de craquelure du
bois. Les spores libérées sont ensuite disséminées par l’eau et le vent pendant
la période hivernale. Ce champignon endophyte peut
aussi être présent dans les bois d’un an des vignes mères et pourrait donc
se propager par les bois de porte-greffe et de greffon lors de l’élaboration
des plants en pépinière. Sa présence a en effet été détectée à différentes
étapes de la préparation des plants. Ce champignon est considéré comme se
propageant uniquement par reproduction asexuée puisque aucune structure de
reproduction sexuée n’a été observée au vignoble et par conséquent la forme
sexuée de ce champignon n’est pas connue. Une étude de la diversité génétique
de Pch par AFLP a été initiée afin de faire
progresser les connaissances sur ce champignon et à terme de tester différentes
hypothèses pour identifier le mode de contamination, l’origine de l’inoculum
primaire et le mode de reproduction de ce champignon. 83 souches de Pch provenant de trois régions françaises (Alsace,
Cognac et Sud-ouest) collectées en 1997, sont utilisées pour cette étude.
La sélection de 10 couples d’amorces a permis la mise en évidence de 52 locus
polymorphes potentiellement utilisables. Les premiers résultats indiquent
une diversité faible et l’absence de structure des populations pour les trois
régions testées, donc une importante dispersion de ces champignons pouvant
être compatible avec l’hypothèse d’une contamination des plants dès la pépinière.
Un déséquilibre de liaison significatif a été détecté pour deux des régions
étudiées indiquant que les recombinaisons au sein des populations sont rares
ou absentes. La reproduction de ce champignon semble donc être majoritairement
asexuée. Nos premiers résultats montrent donc que l’étude de la diversité
de ce champignon par AFLP permet de tester des hypothèses sur le mode de reproduction
et l’origine de l’inoculum primaire. Un échantillonnage adapté à cette étude
provenant de différentes pépinières du Sud-est est actuellement en cours de
réalisation.
Poster n°
8
La survie
hivernale de Phytophthora infestans,
agent du mildiou de la pomme de terre, entraîne-t-elle une contre sélection
des souches les plus agressives ?
J.
Montarry, R. Corbière, D. Andrivon
UMR BiO3P, INRA Rennes, Domaine de la Motte, BP 35327, 35653
Le Rheu Cedex
L’évolution
des populations pathogènes est fortement dépendante de la sélection imposée
par les plantes hôtes pendant les épidémies, mais la compréhension des phénomènes
de sélection imposés à ces populations entre les épidémies est indispensable
pour appréhender dans sa globalité le fonctionnement des pathosystèmes.
Les conséquences évolutives de la présence ou de l’absence d’une sélection
sont tout aussi importantes entre les épidémies qu’au cours des épidémies
elles-mêmes. Si une population pathogène n’est soumise à aucune contre-sélection sur l’agressivité, le niveau moyen de pathogénicité dans cette population va en effet tendre à croître
régulièrement au cours du temps.
En France, où
la reproduction sexuée n’est que très rarement observée, l'hivernage de Phytophthora
infestans se produit essentiellement sous
forme de mycélium présent dans les tubercules infectés restant dans les sols
et dans les tas de déchets laissés à proximité des champs cultivés. Dans cette
situation, on peut supposer que les souches les plus agressives font pourrir
plus rapidement les tubercules qui leur permettent de survivre pendant l’hiver,
ce qui entraînerait leur contre-sélection.
Nous avons donc
cherché ici à déterminer si la survie des souches de P. infestans pendant la période hivernale est dépendante
de leur agressivité ou si elle se fait aléatoirement. Afin de tester cette
hypothèse, des lots de tubercules, inoculés avec des souches d’agressivité
connue (période de latence, taille de lésions et capacité de sporulation),
ont été placés après la récolte (octobre 2004) en tas individualisés dans
trois sites (Finistère, Ille-et-Vilaine et Pas-de-Calais) représentant trois
conditions hivernales différentes.
La survie des
tubercules (capacité à germer), notée en avril 2005, ne révèle aucune différence
entre les lots inoculés avec les souches faiblement agressives, moyennement
agressives ou fortement agressives. Seuls les lots témoins, constitués de
tubercules non-inoculés, présentent un taux de survie
supérieur. Notons que la survie des tubercules s’est avérée meilleure dans
des conditions hivernales peu contrastées (douceurs des côtes bretonnes ou
froid persistant du nord de la France) que dans des conditions hivernales
alternant périodes douces et gels (Rennes).
Les résultats
obtenus indiquent donc que la survie de P. infestans
durant l’hiver semble indépendante du niveau d’agressivité des souches. Il
est possible que ce résultat explique, au moins en partie, l’augmentation
récente d’agressivité des populations européennes.
Poster n°
9
Diversité génétique et
fonctionnelle du champignon mycorhizien éricoïde
résistant aux métaux lourd Oidiodendron
maius
C. Murat (1), E. Martino (1),
M. Vallino (1), M. Pitet (1), S. Picarella (1), E. Zampieri (1), E. Portis
(2), S. Perotto (1)
(1) Dipartimento Biologia Vegetale, Università degli Studi di Torino, Viale Mattioli 20, 10125
Torino, ITALIE
(2) Di.Va P.R.A. Plant Genetics and Breeding, University of Turin, via L.
da Vinci 44, I-10095 Grugliasco, Torino, ITALIE
L’émission
dans les écosystèmes terrestres d’une quantité croissante de métaux lourds
liés à l’activité humaine représente une cause principale de pollution. Toutefois,
les métaux lourds peuvent aussi avoir une origine naturelle dans certains
types de sols comme dans le cas des roches serpentines, qui sont à l’origine
de fortes concentrations en Chrome et Nickel. Ces contaminants ont des effets
négatifs sur la microflore du sol, mais certains micro-organismes sont en
grade de survivre en présence d’une concentration élevée de ces métaux. Parmi
ceux-ci, des isolats du champignon mycorrhizien
ericoïde Oidiodendron
maius (O. maius Zn et O. maius Cd), isolés
dans des sols ayant subi une contamination industrielle
en Zinc et Cadmium, sont étudiés au sein de notre laboratoire depuis
plusieurs années. Il a été montré que ces isolats présentent une meilleure
croissance en présence de Zinc et Cadmium par rapport à des isolats provenant
de sols non contaminés. L’objectif de notre étude est de mieux
connaître la diversité génétique et fonctionnelle de l’espèce fongique O.
maius. Pour cela, nous avons sélectionné un
site, formé de roches serpentines, du parc naturel du Mont Avic
(vallée d’Aoste, Italie). L’analyse physico-chimique a confirmé la contamination
de ce site par le Chrome et le Nickel. Les échantillons fongiques ont été
isolés à partir d’apex racinaires de myrtilles (Vaccinium myrtillus).
La diversité génétique a été analysée sur les échantillons du Mont-Avic et sur des isolats déjà présents au laboratoire
(O. maius Zn et
O. maius Cd) (i) par séquençage de la région ITS de l’ADN
ribosomal ; (ii) par séquençage d’un marqueur
fonctionnel : la région 5’ du gène de la Superoxydedismutase
(SOD) et (iii) par AFLP avec 4 combinaisons différentes
de primers. La diversité fonctionnelle de ces isolats
a été évaluée en testant leur croissance en présence de Chrome et de Nickel.Parmi
les différents isolats du Mont-Avic 15 ont
été sélectionnés en se basant sur leurs caractéristiques morphologiques typique
d’O. maius. Le séquençage
de la région ITS a confirmé leur appartenance à cette espèce et a mis en évidence
trois haplotypes. De même, trois haplotypes ont aussi été identifiés par le séquençage de la
région 5’ de la SOD. L’analyse AFLP a montré une importante diversité génétique au sein de cette population et a permis
l’identification de 11 génets. En fait, le séquençage
de l’ITS, de la SOD et l’analyse AFLP a mis en évidence
trois groupes au sein des isolats du Mont-Avic.
Enfin, les échantillons 5*L3 du Mont-Avic, O.
maius Zn et O. maius Cd se caractérisent par une plus importante diversité
génétique.Les tests de croissance en présence et absence de Chrome
et de Nickel ont mis en évidence plusieurs isolats présentant une bonne croissance
en présence de ces contaminants. Parmi ceux-ci, l’isolat 5*L3 s’est révélé
un des plus résistant. Un test de croissance de plantes de myrtilles mycorrhizées
et non- mycorrhizées par 5*L3 montre que ce champignon
augmente la résistance de ces plantes au Chrome, probablement par un mécanisme
d’exclusion. D’autre part, les isolats O. maius
Zn et O. maius
Cd (qui sont résistants au Zinc et au Cadmium) ne présentent pas une bonne
croissance en présence de Chrome et de Nickel, indiquant ainsi une adaptation
liée au métal sur lequel les champignons sont isolés. Il y aurait donc différents
mécanismes de résistance en fonction des différents métaux lourds.
Poster n°
10
Etude morphologique
et enzymatique d’Ascochyta rabiei
N.
Karkachi (1), S. Gharbi (1),
M. Kihal (1), M. Labdi
(2), J.-E. Henn (1)
(1)
Université d’Oran es-sénia, Faculté des Sciences - Département de Biologie,
Laboratoire de Phytophathologie, Oran, ALGERIE
(2) Institut National de la Recherche Agronomique de Sidi Bel Abbess, ALGERIE
L’anthracnose
du pois chiche (Cicer arietinum L), due à Ascochyta rabiei, est la maladie
fongique la plus redoutable pour cette culture. Cette maladie est difficilement
contrôlable et ses épidémies peuvent causer la perte totale du rendement.
Ascochyta rabiei est en
effet un champignon qui présente une grande variabilité morphologique et pathologique.
Dans notre étude nous nous sommes intéressés en premier temps sur la caractérisation
biométrique du champignon, son pouvoir pathogène et l’étude quelques activités
enzymatiques par dosages des sucres réducteurs et en deuxième temps l’étude
du polymorphisme de cinq systèmes enzymatiques (Estérase, Phosphatase acide,
Leucine aminopeptidase, Phospho-glucose
isomérase) par la technique électrophorétique a montré des différences entre les deux
isolats. L’étude de la variabilité morphologique des deux isolats (Y,
H) a montré une différence de croissance sur les cinq milieux de culture utilisée,
on note que la croissance sur le milieu farine de pois chiche ait le milieu
proche du milieu naturel du pathogène du moment que la croissance été plus
importante. Par ailleurs l’activité enzymatique a montré que les deux isolats
ont produit l’enzyme PME sur milieu Mathur avec
et sans pectine, de même en ce qui concerne l’enzyme PG été faible chez l’isolat
H sur le milieu Mathur avec pectine et nulle sans
pectine.
Mots clés : Ascochyta rabiei, Pois chiche, Anthracnose,
enzymes pectiques, électrophorèse, isoenzyme