Session : Epidémiologie



Poster n° 1


Agressivité de souches de Venturia inaequalis contournant le gène de résistance Vf chez le pommier

V. Caffier
, F. Didelot, B. Le Cam, L. Parisi

INRA Centre d’Angers, UMR PaVé, 42 rue Georges Morel, BP60057, 49071 Beaucouzé


La tavelure, due à l’ascomycète Venturia inaequalis, est la maladie la plus préjudiciable du pommier dont la protection nécessite de nombreux traitements fongicides chaque année. L’utilisation de variétés résistantes permet une réduction du nombre de traitements, et différentes sources de résistance sont utilisées dans les programmes d’amélioration du pommier. Cependant, la majorité des variétés résistantes actuellement disponibles portent le même gène de résistance majeure : Vf. Cette résistance a longtemps été considérée comme durable, mais dans les années 1985-1990, les premières souches virulentes VirVf ont été identifiées en Allemagne et en Angleterre et se sont progressivement propagées en Europe. En France, des souches VirVf sont observées depuis 1995 dans le Nord-Ouest du pays, en verger de pommier à cidre (variété Judeline). En 2004, le contournement d’une nouvelle variété de pomme de table (Ariane) a été observé dans un verger expérimental du domaine de l’INRA d’Angers.

Les travaux de génétique des populations menés dans notre équipe ont montré l’existence d’une forte différenciation entre populations présentes sur les hôtes Vf et non Vf, expliquée dans certains cas par l’existence de réactions incompatibles entre les souches virulentes VirVf et  certains hôtes non Vf. Il existe cependant des variétés sensibles aux deux types de souches  (variété Gala par exemple), ce qui pourrait permettre un brassage génétique par reproduction sexuée entre les souches VirVf et AvirVf. Notre objectif est de déterminer si  des croisements entre ces deux types de souches peuvent effectivement se produire ou s’il existe des mécanismes qui les freineraient, comme par exemple une fitness plus faible des souches virulentes sur hôte sensible (que ce soit lié ou non à un coût de la virulence). Dans cette étude, nous nous intéressons à l’agressivité des souches pendant la phase parasitaire, qui représente l’un des aspects de la fitness. 

Huit souches (4 VirVf et 4 AvirVf) échantillonnées en 1999 sur diverses variétés dans différents pays européens ont été caractérisées pour leur agressivité sur Gala en conditions contrôlées. Les résultats obtenus montrent que les 4 souches VirVf sont en moyenne significativement moins agressives que les 4 souches AvirVf. Cette première conclusion demande à être vérifiée, car des facteurs autres que la virulence VirVf pourraient intervenir sur l’agressivité de ces souches d’origines diverses (adaptation variétale, exigences thermiques…). A l’avenir, l’hypothèse d’une moindre agressivité des populations VirVf sera testée en comparant différentes populations VirVf et AvirVf échantillonnées dans un même verger. L’agressivité des souches sera analysée en absence de compétition ou en les confrontant en mélange sur une même plante pour évaluer leur valeur compétitive. L’hypothèse d’une augmentation d’agressivité dans les  populations VifVf au cours du temps sera également testée, notamment dans le verger de l’INRA d’Angers qui comporte les  variétés Ariane et Gala, et où des notations et des prélèvements de souches ont été réalisé dès l’apparition du premier foyer de virulence.



Poster n° 2


Stratégies d’association de méthodes de lutte à effet partiel contre la tavelure du pommier

F. Didelot (1), L. Brun (2), V. Caffier (1), L. Parisi (1)

(1) INRA Centre d’Angers, UMR PaVé, 42 rue Georges Morel, BP60057, 49071 Beaucouzé cedex

(2) Adresse actuelle : INRA-UERI, Domaine de Gotheron, 26320 Saint-Marcel-les-Valence


La lutte contre la tavelure, causée par Venturia inaequalis, représente une part considérable des traitements phytosanitaires nécessaires à la protection d’un verger de pommier lorsqu’il est planté avec une ou des variétés sensibles à la maladie. Ces applications fongicides régulières agissent négativement sur la faune auxiliaire et peuvent favoriser le développement de certains ravageurs. De plus, des problèmes de résistance à certaines matières actives apparaissent régulièrement et de nombreuses situations d’échecs de protection contre la tavelure sont apparues ces dernières années dans l’ensemble du verger français. Il paraît donc important, dans le cadre d’une protection fruitière intégrée, de parvenir à mieux maîtriser la maladie tout en réduisant le nombre et l’impact des traitements fongicides. Pour y parvenir, la plantation de variétés présentant une résistance partielle à la maladie, associée à d’autres méthodes à efficacité partielle et à une lutte chimique raisonnée est une alternative intéressante. Il faut cependant disposer de bonnes variétés à résistance partielle, et des moyens d’intégrer différentes méthodes de lutte suivant des stratégies simples à appliquer et sans prise de risque pour l’arboriculteur. En particulier les seuils d’application de la lutte chimique, en tenant compte des autres moyens de lutte déployés, demandent à être précisés et validés. Pour progresser dans cette voie, nous avons tout d’abord évalué la résistance de la variété Reine des Reinettes, considérée comme peu sensible à la maladie, en absence de traitements fongicides, comparativement au comportement dans les mêmes conditions de Gala, variété sensible à la maladie, pendant trois années. Les résultats obtenus confirment l’intérêt de ce type de variété ; ils mettent en évidence un ralentissement du déroulement des épidémies sur feuilles de pousses, et une incidence de la maladie sur feuilles toujours significativement inférieure à celle de Gala, tout au long de la saison primaire. Le même type de résultat est obtenu sur fruits, avec une efficacité variable d’une année à l’autre en fonction des conditions climatiques. En 2005, une restructuration du verger expérimental a été entreprise pour étudier l’association de la résistance de Reine des Reinettes avec : 1) Une méthode de lutte prophylactique : la réduction de la litière foliaire, permettant de réduire la phase de reproduction sexuée aboutissant à la projection d’ascospores au printemps  2) Une lutte chimique raisonnée. Le raisonnement de la lutte chimique tient compte de la gravité du risque de contamination et du pourcentage d’ascospores projetées. Toutefois, pour ne pas être amené à traiter uniquement en curatif (une fois le seuil dépassé), des traitements préventifs sont autorisés en fonction du stock d’ascospores projetables et des prévisions météorologiques. Dans le même verger, la variété Ariane (gène Vf) sera traitée suivant le même protocole, avec un objectif différent : estimer, en présence de souches virulentes (contournement observé en 2004) si les mesures prophylactiques et la lutte chimique raisonnée sont aptes à prolonger la durabilité de la résistance, en comparaison avec des parcelles non traitées. Les résultas préliminaires obtenus en 2005 sur Reine des Reinettes, avec seulement 5 traitements au cours de la saison, sont encourageants.



Poster n° 3


Mise au point d’une méthode de détection de Phytophthora alni, agent du dépérissement de l’aulne glutineux, dans l’eau de rivière et le sol et applications épidémiologiques

C. Husson, A. Alonso, O. Caël, P. Frey, R. Ioos, B. Marçais

INRA Nancy, UMR Interactions Arbres/Micro-organismes, Equipe Pathologie forestière, 54280 Champenoux


L’aulne glutineux est une espèce primordiale dans les ripisylves (formation végétale arborée le long d'un cours d'eau) où elle joue un rôle écologique (essence pionnière, niche à poissons, épuration des eaux) et mécanique (maintien des berges). Or, depuis le début des années 1990, de graves dépérissements sont observés en Europe qui provoquent des taux de mortalité importants et inquiètent les gestionnaires des cours d’eau. Cette maladie émergente est due à un Oomycète hybride, Phytophthora alni. L’agent pathogène est présent dans le sol, se dissémine dans l’eau de rivière grâce à ses zoospores flagellées et pénètre par les fines racines et les lenticelles au niveau du collet. Afin d’enrichir les connaissances sur l’étiologie et l’épidémiologie de la maladie, nous avons mis au point des méthodes de détection fiable du parasite dans le sol et dans l’eau de rivière.

Concernant le sol, cinq méthodes d’extraction d’ADN ont été testées à partir de sols inoculés artificiellement avec des zoospores de P. alni. La méthode utilisant le FastDNA® SPIN Kit for soil (Qbiogene) s’est révélée la plus efficace mais avec des seuils de détection variable selon la texture du sol. Par ailleurs, une méthode couplant le piégeage biologique à l’aide de feuilles de rhododendron et l’utilisation d’un couple d’amorces spécifiques de P. alni s’est montrée efficace pour détecter la forme active du parasite dans le sol dans des sites fortement infectés.

Pour détecter P. alni dans l’eau, nous avons mis au point un système de pompage applicable directement au bord de la rivière. L’eau pompée est filtrée sur un filtre en nylon de pores 11 µm sur lequel est effectuée par la suite une détection par PCR avec le couple d’amorces spécifiques. Il est ainsi possible de détecter P. alni dans une suspension contenant 10 zoospores par litre d’eau de rivière.

Ces méthodes ont été appliquées sur un dispositif expérimental mis en place le long d’une rivière, la Sarre, en Moselle, où environ 1/3 des aulnes sont malades. Quelque soit le type d’échantillons analysés, la date de prélèvement avait un effet sur le nombre de détection de P. alni, alors que l’état sanitaire des aulnes à proximité n’en avait pas. Concernant le sol, la fréquence de P. alni était plus faible quand le taux de matière organique était élevé. La détection dans le sol par extraction directe de l’ADN avec le kit varie en fonction du rapport argile/sable et du pH alors que ces mêmes facteurs sont sans influence sur la détection par piégeage biologique.



Poster n° 4


Epidémiologie du mildiou (Bremia lactucae)  dans une culture de laitue associant une lignée résistante à une variété sensible

B. Maisonneuve (1), C. de Vallavieille-Pope (2), M. Pitrat (1)

(1) INRA – Unité de Génétique et d'Amélioration des Fruits et Légumes, Domaine Saint Maurice, BP94, 84143 Montfavet cedexµ
(2) INRA – UMR INRA-INA-PG d’Epidémiologie végétale et écologie des populations, BP01, 78850 Thiverval Grignon


Bremia lactucae Regel est un Oomycète, parasite obligatoire qui se développe dans les zones de cultures de laitues de toutes les régions tempérées. Ce mildiou constitue toujours l’une des principales menaces dans les cultures de laitue malgré l'utilisation de variétés résistantes. En effet depuis 40 ans, le Bremia a contourné tous les gènes utilisés dans les variétés commerciales, aussi bien ceux identifié chez la laitue (Lactuca sativa) que ceux introgressés d'espèces apparentées (L. serriola et L. saligna). Le cumul dans un génotype de 2 à 3 gènes de résistance, parmi les 18 répertoriés, permet encore d'offrir des variétés résistantes, mais pour combien de temps? Les souches européennes les plus virulentes possèdent déjà 13 à 15 facteurs de virulences.

A l’INRA, nous avons créé des lignées (ViCQ et ViAE) résistantes à toutes les souches testées, grâce à des gènes introgressées de 2 accessions de L. virosa. Afin de limiter l'évolution du Bremia par un effet de zone refuge, nous testons la faisabilité de culture multi-lignées. Nous contrôlons également l'efficacité de nos résistances en contamination naturelle. Pour ces études, nous suivons les épidémies dans un tunnel plastique froid d'hiver (plantation début novembre, récolte début février) depuis 3 ans. Nous avons comparé l’évolution du Bremia sur les plantes de la variété sensible (var Flavona) cultivée en parcelle pure ou en mélange avec les lignées Vi sur 4 répétitions par culture.

Au cours des trois cultures successives, aucune plante de Vi n'a été contaminée. Les deux résistances (ViCQ et ViAE) sont donc toujours non contournées.

La vitesse de développement du mildiou et l'intensité des symptômes ont varié au cours des trois hivers. En 2002-2003, dans 2 répétitions moyennement contaminées, la maladie a été significativement moins forte dans les parcelles de mélanges qu'en Flavona pure. En 2003-2004, la maladie s'est développée brutalement fin janvier avec une attaque très forte ; aucune différence entre parcelles n'est observée (toutes les Flavona fortement contaminées et non commercialisables). En 2004-2005,  l'épidémie s'est développée lentement sans différences entre traitements ; à la récolte, très peu de plantes de Flavona étaient contaminées et les symptômes étaient en général de faible intensité. Nous présenterons des hypothèses pouvant expliquer ces variations de résultats entre années.

En ce qui concerne les spectres de virulence des isolats de Bremia récupérés dans ces cultures (sur les plantes de Flavona et dans des boîtes pièges), ils présentent très peu de variation intra-année. Nos premiers résultats tentent à montrer une contamination aérienne, soit de l'extérieur, soit à partir d'inoculum placé dans le tunnel selon les années ; il n'y aurait pas eu contamination à partir de souche conservée dans le sol d'une année sur l'autre.



Poster n° 5


Réponse des communautés microbiennes telluriques aux amendements organiques

A. Pérez-Piqueres
, V. Edel-Hermann, C. Alabouvette, C. Steinberg

UMR Microbiologie et Géochimie des Sols, INRA-Université de Bourgogne, CMSE, 17 rue Sully, BP 86510, 21065 Dijon Cedex


L’apport d’amendements organiques est une pratique culturale couramment utilisée d’une part pour compenser le déficit en matières organiques dans les sols et améliorer la qualité des sols et d’autre part pour contribuer au recyclage des déchets organiques produits par les activités anthropiques. Cependant, l’impact de ces amendements sur les communautés microbiennes telluriques est peu connu. Nous avons évalué la réponse de la microflore du sol à l’apport de différents composts (Pérez-Piqueres et al.). Deux sols agricoles ayant des propriétés physico-chimiques différentes et trois composts (un compost de déchets verts et deux composts de champignonnières d’origines différentes) ont été utilisés dans des expériences en conditions contrôlées. Différents paramètres ont été comparés entre les sols amendés et non amendés. Les communautés bactériennes et fongiques cultivables ont été dénombrées et les activités microbiennes globales ont été estimées par des mesures de respiration basale et de respiration induite (SIR, substrate induced respiration). L’état sanitaire des sols a été évalué par des mesures de réceptivité des sols aux maladies dues à Rhizoctonia solani réalisées dans des biotests en serres. De plus, les modifications de structure métabolique et moléculaire des communautés bactériennes et fongiques ont été évaluées. Les profils métaboliques des communautés bactériennes ont été déterminés en utilisant des plaques Biolog™. Les structures des communautés bactériennes et fongiques ont été analysées en utilisant la méthode de T-RFLP (terminal restriction fragment length polymorphism) ciblant l’ADN ribosomique 16S et 18S, respectivement. Les données ont été analysées avec des analyses de variance et des analyses en composantes principales. L’impact des amendements organiques sur les caractéristiques du sol dépend de la nature du compost et du type de sol. Les composts de champignonnières utilisés ont modifié tous les paramètres biologiques mesurés dans les deux sols, alors que le compost de déchets verts n’a pas modifié les densités bactériennes et fongiques, les valeurs de respiration et l’état sanitaire des deux sols. Les modifications des profils de T-RFLP des communautés bactériennes induites par les composts ne sont pas associées à des modifications de structure métabolique, suggérant la redondance fonctionnelle des microorganismes du sol. Les mesures de densité, d’activité et de structure des communautés microbiennes nous ont permis d’apprécier l’impact des amendements organiques sur la microflore tellurique mais aussi d’évaluer ses répercussions sur le fonctionnement du sol en analysant son état phytosanitaire. Les variations de réceptivité des sols ont été reliées à des différences de composition chimique, de disponibilité en nutriments à court terme, et de composition des communautés microbiennes, dues à l’apport et la stimulation de microorganismes par les amendements organiques.

Référence :

Pérez-Piqueres A., Edel-Hermann V., Alabouvette C., Steinberg C. 2005. Response of soil microbial communities to compost amendments. Soil Biology & Biochemistry, sous presse.



Poster n° 6


Evolution des populations de Gaeumannomyces graminis var. tritici (Ggt), agent du piétin-échaudage du blé sous l’effet de pressions de sélections exercées par des cultures successives de blé et des traitements fongicides répétés

L. Lebreton, P. Lucas, A. Sarniguet

INRA Centre de Rennes, UMR BiO3P (Biologie des Organismes et des Populations appliquée à la Protection des Plantes). Domaine de la Motte, B.P. 35327, 35653 Le Rheu


Le piétin-échaudage, causé par le champignon du sol Gaeumannomyces graminis var. tritici (Ggt), est la principale maladie racinaire du blé. Contre cette maladie, un fongicide à base de silthiofam (Monsanto), utilisé en traitement de semences, a été homologué en France en 2002. L’objectif de cette étude est de connaître l’effet de cultures successives de blé et de traitements répétés avec le fongicide sur la structure des populations de Ggt. L’expérimentation a été menée durant 5 années de 1999 / 2000 à 2003 / 2004 dans des parcelles naturellement contaminées sur le site INRA de Pacé (Ille et Vilaine, 35, France). Les populations de Ggt ont été échantillonnées dans des monocultures de blé ayant subi ou non des traitements fongicides successifs. Elles ont été comparées à l’aide de marqueurs moléculaires de type AFLP (Polymorphisme de Longueur de Fragments Amplifiés) et leur sensibilité au fongicide a été mesurée au laboratoire. Chaque année ces populations sont organisées en deux génotypes : G1 et G2. Il existe une relation entre la fréquence de ces deux genotypes et la quantité de maladie mesurée au champ à la date d’échantillonnage. Même si le génotype G2 est en moyenne plus sensible au fongicide que le genotype G1, l’évolution des populations de Ggt est davantage orientée par la pression de sélection exercée par les cultures successives de blé que par les traitements fongicides répétés avec le silthiofam.



Poster n° 7


Quantification de Rhizoctonia solani dans les sols par PCR en temps réel et relation avec son potentiel infectieux

C. Steinberg, M. Jobard, C. Dreumont, N. Gautheron, V. Edel-Hermann

UMR Microbiologie et Géochimie des Sols, INRA-Université de Bourgogne, CMSE, 17 rue Sully, BP 86510, 21065 Dijon Cedex


Rhizoctonia solani est un champignon d’origine tellurique, phytopathogène et responsable de dégâts importants sur un large spectre d’hôtes végétaux. Ce champignon provoque des fontes de semis, des nécroses et des pourritures racinaires. Les attaques dues à ce champignon se caractérisent par une apparition de la maladie en foyers dans les cultures, répartis de manière hétérogène et mobiles d’une année sur l’autre, et restent donc imprévisibles. La conservation et le développement saprophyte du champignon dans les sols pourraient être responsables de l’occurrence et du comportement des foyers. Cependant, aucun outil ne permet de suivre sa dynamique de populations dans les sols. En effet, aucun milieu suffisamment sélectif pour R. solani n’est connu. De plus, les densités d’inoculum sont souvent faibles dans les sols, de l’ordre de 1 à 50 propagules pour 10 g de sol. L’absence d’outil de quantification de R. solani limite les connaissances de son écologie et la compréhension de l’apparition des foyers de maladie. Dans cette étude, une méthode de PCR quantitative en temps réel a été développée pour permettre de quantifier R. solani et de suivre sa dynamique de population dans les sols. Des amorces oligonucléotidiques spécifiques de l’AG2-2 de R. solani ont été définies, permettant l’amplification d’un fragment de 150 pb de la région ITS (internal transcribed spacer) de l’ADN ribosomique. Ces amorces ont été validées dans des essais de PCR en temps réel basés sur la fluorescence du SYBR Green et une courbe standard réalisée avec des dilutions d’ADN plasmidique contenant la cible clonée, linéaire de 102 à 109 copies par réaction. La méthode de quantification a été appliquée à des microcosmes de sols dans lesquels une souche de R. solani AG2-2 a été introduite. L’inoculum fongique produit sur du millet a été introduit dans deux sols de propriétés physico-chimiques différentes, préalablement stérilisés, et le développement de R. solani a été suivi pendant 30 jours d’incubation. Les densités de populations ont été évaluées en utilisant (i) d’une part la PCR quantitative en temps réel appliquée aux ADN extraits de différents prélèvements de sol, et (ii) d’autre part une méthode probabiliste basée sur l’estimation du nombre le plus probable (MPN, most probable number) de champignons par gramme de sol. Parallèlement, l’activité infectieuse du champignon vis-à-vis d’une plante hôte sensible, la carotte (Daucus carotta), a été mesurée. La relation entre le potentiel infectieux et la densité d’inoculum mesurée par la méthode d’estimation du MPN et la PCR en temps réel est discutée. La méthode moléculaire de quantification de R. solani permettra de détecter et de quantifier le champignon in situ et d’étudier son développement dans les sols soumis à différentes pratiques culturales.



Poster n° 8


Etude épidémiologique de la fusariose des céréales : Analyse de la voie systémique d’infection de l’épi, et des infections tardives ou à faible dose d’inoculum

E. Pelzer
(1), S. Gelisse (2), T. Doré (1) et C. Lannou (2)

(1) INRA Agronomie, BP 01, 78 850 Thiverval Grignon
(2) INRA Epidémiologie Végétale,
BP 01, 78 850 Thiverval Grignon



La fusariose de l’épi est l’une des maladies actuellement les plus redoutées chez le blé (Parry et al., 1995 ; Gilbert and Tekauz, 2000) car elle peut non seulement provoquer des pertes de rendement, mais aussi présenter un risque sanitaire important du fait que les grains infectés contiennent des mycotoxines dangereuses pour l’alimentation animale et humaine (Champeil et al., 2004 ; Ioos et al., 2004). La fusariose de l’épi peut être causée par plus de 17 espèces des genres Fusarium et Microdochium. Plusieurs formes d’inoculum (asexuées ou sexuée chez certaines espèces) existent. On sait que la principale source d’inoculum primaire de la maladie provient des débris de culture infectés, et que l’inoculum est ensuite dispersé par le vent, la pluie ou des vecteurs arthropodes (Parry et al., 1995 ; Fernando et al., 2000). Le stade floraison semble unanimement décrit comme le plus sensible à l’infection (Parry et al., 1995 ; Shaner, 2003). Pourtant, des doutes persistent quand aux voies possibles de contamination des épis (aérienne ou systémique) et à la sensibilité de l’épi après la floraison. D'autre part, on relie très mal les symptômes observés au risque effectif de contamination des grains par les toxines. Notre objectif est, par une démarche analytique, de mieux comprendre l’infection des épis et les conditions de contamination par les toxines dans le but d'améliorer la gestion du risque au champ. Ces questions ont été abordées par des expérimentations en conditions contrôlées. Un protocole expérimental consistant en l’inoculation d'épis de blé à différents sites, dates et doses d’inoculation, avec trois espèces de Fusarium nous a permis de comparer la contamination systémique avec la contamination aérienne, et de montrer que la contamination systémique des épis était inexistante dans nos conditions de croissance et d’inoculation, bien que les espèces de Fusarium utilisées étaient capables de coloniser partiellement la tige. D'autre part, nous avons étudié l'effet d'infections tardives (post floraison), et l’impact de doses d’inoculum faibles sur les symptômes produits, la proportion de grains contenant du fusarium, et la teneur en toxine des grains. On a alors montré que l’épi reste sensible jusqu’à des stades très tardifs et que des doses faibles suffisent à des infections d’épis importantes. On a pu également montrer, dans le cadre des deux questions traitées, des différences entre les espèces de Fusarium dans la capacité à coloniser la tige et dans la capacité à infecter les épis. On a enfin montré que les notations d’incidence et de sévérité au champ (symptômes sur épi) rendent très mal compte de l’infection réelle des grains, et nécessitent d’être modifiée pour une meilleure prédiction des risques de contamination des lots de grains en mycotoxines. Ces résultats sont discutés en relation avec la mise au point de modes de conduite des cultures permettant une limitation de l’infection des grains de blé par la fusariose.



Poster n° 9


Epidémiologie du dépérissement de l’aulne glutineux dû à Phytophthora alni

B. Thoirain, C. Husson, P. Frey, R. Ioos, B. Marçais

INRA Nancy, UMR Interactions Arbres/Micro-organismes, équipe Pathologie forestière, 54280 Champenoux


Depuis le début des années 1990, en Europe, l’aulne glutineux (Alnus glutinosa) subit de graves dépérissements essentiellement le long des cours d’eau où il joue un rôle écologique majeur. Cette maladie émergente est due à un Oomycète hybride, Phytophthora alni, qui provoque des taux de mortalité importants. L’agent pathogène est présent dans le sol, se dissémine dans l’eau de rivière grâce à ses zoospores flagellées et pénètre par les fines racines et les lenticelles au niveau du collet. Durant l’été 2004, nous avons mené une étude épidémiologique dans le nord-est de la France afin de déterminer la fréquence d’arbres malades et les facteurs de risque associés à la maladie. Notre enquête a révélé que 17 % des aulnes sont malades sur les bassins de la Meuse, de la Moselle et de la Sarre. 80% des sites prospectés sont infectés. La présence du parasite a été confirmée par isolement mycologique ou par détection moléculaire (couples d’amorces spécifiques) dans plus de 2/3 des sites. Les principaux facteurs de risque associés à la maladie sont la typologie des cours d’eau, la température de l’eau de rivière, la texture du sol, la présence de pont ou route à proximité et le recouvrement de la strate arborée. Les rivières à eaux calmes des plateaux calcaires et des plaines présentent des taux de dépérissement d’aulnes plus importants que les rivières à eaux vives de moyenne montagne, de piémont et de côtes calcaires. Un courant faible permet sans doute une accumulation d’inoculum au pied des arbres, ce qui engendre un risque plus élevé d’infection par les racines. Par ailleurs, le pourcentage d’aulnes malades est plus élevé quand la température de l’eau de rivière augmente et quand la texture du sol de la berge est argileuse, paramètres liés à la biologie du parasite.