Le projet de séquence du génome de Podospora anserina

 

P. Silar (1), P. Wincker (2), F. Malagnac (1), E. Espagne (1), A. Boivin (3), O. Lespinet (1), A. Khalili (1), R. Debuchy (1), S. Arnaise (1), V. Berteaux-Lecellier (1), C. Clave (4), V. Contamine (1), E. Coppin (1), A. Couloux (2), C. Dasilva (2), F. Debets (5), M. Dequard-Chablat (1), R. Hoekstra (5), M. Picard (1), B. Pinan-Lucarre (4), A. Sainsart-Chanet (3), S. Saupe (4), C. H. Sellem (3), J. Weissenbach (2)

 

(1) Institut de Genetique et Microbiologie, UMR8621, Orsay

(2) Genoscope, Evry

(3) Centre de Genetique Moleculaire, UPR2167, Gif sur Yvette

(4) Institut de Biochimie et Genetique Cellulaires, UMR5095, Bordeaux

(5) Laboratory of Genetics, Wageningen University, Wageningen, THE NETHERLANDS

 

 

Le pyrénomycète filamenteux Podospora anserina est utilisé dans plusieurs laboratoires pour étudier des problèmes de biologie générale (vieillissement, différentiation, prions, transduction du signal...) mais aussi des phénomènes plus spécifiques aux champignons (reproduction sexuée, germination des spores, spore killer, incompatibilité végétative...). Du fait de son intérêt pour la recherche fondamentale, les équipes travaillant sur cet organisme en collaboration avec le Génoscope ont établi sa séquence génomique avec une couverture 10X. L'assemblage actuel est constitué de 1891 contigs regroupés en 192 supercontigs. Néanmoins, 36 supercontigs représentent 98% du génome. Ils sont en totalité indexés sur la carte génétique. L'assemblage indique une taille totale du génome de 36 Mb. L'annotation est faite grâce à la disponibilité de nombreux EST générés par le Genoscope et par comparaison avec les génomes de Neurospora crassa et Chaetomium globosum, deux espèces proches. Actuellement, une vérification experte des prédictions de gène est en cours.