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Polymorphisme et délétions du gène d'avirulence nip1 chez un champignon pathogène de l'orge, Rhynchosporium secalis S. Schürch, Celeste Linde, Bruce A. McDonald Chez le pathogène de l'orge, Rhynchosporium secalis, le gène
d'avirulence nip1 (aussi nommé AvrRs1) code pour une protéine
qui a deux fonctions. D'une part, NIP1 est une toxine qui joue un rôle
dans le processus d'infection. D'autre part, elle fait office d'éliciteur
chez les variétés d'orge qui contiennent le gène
de résistance Rrs1. Ce gène de résistance majeur
a déjà été contourné dans certains
pays. Nous avons utilisé ce système pour étudier
les deux principaux mécanismes d'évolution des gènes
d'avirulence pour contourner les gènes de résistance majeurs
: mutations et délétion du gène d'avirulence. Nous
avons étudié la fréquence de délétion
de nip1 dans 20 populations de R. secalis provenant de diverses régions
du monde. Le gène nip1 était absent chez 45% des isolats
étudiés. Dans certaines populations, tous les isolats avaient
perdu nip1 et dans d'autres tous les isolats avaient encore nip1. Dans
quelques populations, des isolats avec nip1 cohabitaient avec des isolats
sans nip1. Ensuite, pour étudier le polymorphisme de ce gène,
il a été séquencé pour 196 isolats provenant
de cinq grandes régions (Moyen-Orient, Europe de l'Ouest, Scandinavie,
Californie et Australie). Quatorze types différents de protéine
NIP1 (dont 11 inconnus auparavant) ont été identifiés.
Deux de ces types de NIP1 ont été trouvés dans presque
toutes les régions étudiées alors que les autres
étaient restreints à une seule population ou à une
ou deux régions. Des tests de virulence ont montré que les
isolats qui portent trois de ces types de NIP1 étaient virulents
sur une variété d'orge contenant le gène de résistance
Rrs1. Ces trois types avaient été collectés en Europe,
en Jordanie et en Californie, respectivement. Deux de ces types étaient
caractérisés chacun par une mutation ponctuelle non synonyme.
Le troisième type avait une mutation non-sens qui tronque la protéine.
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