Environnement génomique du cluster de gènes d'avirulence AvrLm1-AvrLm2-AvrLm6 chez Leptosphaeria maculans : conséquences pour l'évolution vers la virulence

L. Gout, S. Ross, M.-L. Kühn, A. Attard, M.-H. Balesdent, T. Rouxel
INRA, PMDV, Route de Saint Cyr, 78026 Versailles, France

Chez Leptosphaeria maculans, agent de la nécrose du collet du colza, les gènes d'avirulence AvrLm1, AvrLm2 et AvrLm6 sont génétiquement regroupés en un " cluster " de gènes d'avirulence [1]. La marche chromosomique actuellement en cours pour le clonage d'AvrLm1 et d'AvrLm6 nous a permis de délimiter une région génomique encadrée par deux contig de clones BACs comprenant 9 (soit 450 kb) et 6 (soit 380 kb) clones en 5' et en 3' de la région, respectivement. Cette région génomique est globalement riche en A+T (plus de 60 %) et est fortement déficiente en événements de recombinaison. Elle présente une structure particulière caractérisée par des îlots de 10 à 30 kb, équilibrés en G+C et contenant des ORFs, séparés les uns des autres par des zones de grande taille correspondant à des mosaïques d'éléments répétés dégénérés suite à des événements de type RIP. Cette région représente au minimum 30 % du chromosome qui la porte et correspondrait à un centromère "régional" tel que décrit chez les eucaryotes supérieurs. Ce type de région est connu comme abritant des "hot spots" pour les réarrangements chromosomiques, en particulier dans les zones de transitions entre régions riches en A+T et régions équilibrées en G+C [2]. Chez L. maculans, on observe un très grand polymorphisme de taille du chromosome portant le cluster AvrLm1-AvrLm2-AvrLm6 avec une amplitude de variation de près de 1 Mb. Les conséquences de ce polymorphisme de taille de chromosome pour l'acquisition de la virulence seront discutées.
[1] M.H. Balesdent, A. Attard, M.L. Kuhn, T. Rouxel (2002). New avirulence genes in the phytopathogenic fungus Leptosphaeria maculans. Phytopathology, 92 (10), 1122-1133.
[2] E. Eichler, D. Sankoff (2003). Structural dynamics of eukaryotic chromosome evolution. Science, 301, 793-795.










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