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Etude de la diversité génétique de la Truffe
noire du Périgord (Tuber melanosporum Vitt.)
Murat C.(1), Luis P.(2), Diez J.(2), Delaruelle C.(2), Dupré
C.(3), Chevalier G.(3), Martin F.(2)
(1) Dipartimento Biologia Vegetale, Viale Mattioli 20, 10125 Torino, Italy
(2) UMR INRA/UHP 1136 "Interactions Arbres/Micro-organismes",
Centre INRA de Nancy, 54280 Champenoux, France;
(3) INRA, Unité de Mycologie, Site de Crouelle, 63039 Clermont-Ferrand
cedex 2, France
Les truffes sont des Ascomycètes hypogés formant des symbioses
ectomycorhiziennes. Ces champignons, pouvant avoir un fort intérêt
économique, ont fait l'objet de nombreuses études d'identifications
taxonomiques mais aussi de diversité génétique. Celles-ci
ont montré que certaines espèces de truffes présentent
une forte diversité génétique (Tuber uncinatum, T.
aestivum,...), alors que d'autres n'ont qu'un faible polymorphisme (T.
magnatum, T. melanosporum,...). Chez la truffe noire du Périgord
(T. melanosporum), le travail de Bertault et al. (1998) a amené
ces auteurs à conclure que cette Truffe était une espèce
clonale et qu'elle ne présentait pas de structure géographique
de la diversité génétique. Afin de compléter
ce travail, nous avons élargi l'échantillonnage aux ascocarpes
des régions de l'Est (Bourgogne) et de l'Ouest (Poitou-charentes)
de la France. Nous avons aussi introduit de nouveaux marqueurs RAPD (Random
Amplification Polymorphism DNA), ainsi qu'une nouvelle approche moléculaire,
SNP (Single Nucleotide Polymorphism), chez cet organisme.
L'analyse de la diversité de T. melanosporum à l'aide de
quatre amorces RAPD a mis en évidence deux groupes de profils.
Le premier groupe est composé de profils fortement similaires avec
un indice de similarité de Nei compris entre 0,79 et 1. En revanche,
le deuxième groupe comprend des profils beaucoup plus polymorphes
puisque l'indice de Nei varie entre 0,43 et 0,77. Les profils de ce deuxième
groupe sont majoritairement issus des ascocarpes de la région de
récolte Bourgogne et comme le confirme le calcul de l'indice de
Shannon, les ascocarpes de cette région présentent la diversité
la plus importante. Cette diversité ne correspond pas à
ce que nous attendons pour une espèce clonale. En revanche, il
n'a pas été possible d'associer un profil RAPD à
une région de récolte, ce qui confirme les résultats
antérieurs.
Les marqueurs RAPD étant dominants, leur utilisation est limitée.
Nous avons donc choisi d'étudier la diversité génétique
de T. melanosporum à l'aide de marqueurs spécifiques co-dominants.
Pour cela, nous avons mis en évidence des différences de
séquences nucléotidiques ponctuelles (SNP) au sein de l'espaceur
intergénique (ITS). La comparaison de 29 séquences ITS,
corrrespondant à des ascocarpes des différentes régions
françaises et italiennes, a permis d'identifier trois SNPs formant
quatre haplotypes d'ITS: I, II, III et IV. L' haplotype I est présent
dans les ascocarpes de toutes les régions de récolte à
part la Lorraine. Par contre, l'haplotype II ne se retrouve que dans les
échantillons de la moitié Est de la France (Bourgogne, Rhône-Alpes
et PACA). De plus, seuls les ascocarpes de Bourgogne contiennent l'haplotype
III et l'haplotype IV n'est détecté que dans ceux de la
Lorraine. Certains haplotypes semblent donc spécifiques des truffes
récoltées dans certaines régions. L'analyse des SNP
permet donc de révéler une structure géographique
de la diversité génétique de T. melanosporum.
Bibliographie: Bertault G., Raymond M., Berthomieu A., Callot G., Fernandez
D. (1998). Trifling variation in truffles. Nature 394 : 734
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