Deux méthodes de diagnostic moléculaire des espèces de Melampsora, agents de la rouille foliaire des peupliers

Claude Husson, Pascal Frey, Jean Pinon
INRA Nancy, Unité de Recherche Pathologie forestière 54280 Champenoux

En Europe, la rouille foliaire est actuellement la maladie la plus préoccupante sur les peupliers cultivés. Elle est responsable d'une réduction de croissance significative et d'un affaiblissement général des plants provoquant des pertes économiques importantes dans les grandes régions populicoles. La maladie est causée par trois espèces de Melampsora : M. larici-populina essentiellement, M. allii-populina et M. medusae. Le but de cette étude est de mettre au point des outils de biologie moléculaire capables d'identifier les espèces de Melampsora à différents stades de développement du champignon. Ces outils ont été testés sur une large gamme d'isolats d'origine géographique variée. Suite à la confrontation de la région ITS de l'ADNr amplifiée de deux isolats, l'analyse de la formation d'hétéroduplex a permis de distinguer les trois espèces de Melampsora de façon fiable. Par ailleurs, les couples amorces ITS1-MLP / ITS4-MLP, ITS1-MAP / ITS4-MAP et ITS1-MM / ITS4-MM définis dans la région ITS se sont révélés très spécifiques des espèces M. larici-populina, M. allii-populina et M. medusae respectivement. Aucune réaction croisée n'a été montrée entre ces espèces. Il est possible d'identifier l'espèce M. larici-populina à l'aide de ses amorces spécifiques sur du tissu végétal infecté au stade écidien, urédien et télien. Le couple d'amorces spécifiques de M. medusae s'est révélé très efficace pour la détection de cette espèce. Ces amorces ont généré un produit d'amplification à partir d'une solution d'ADN de M. medusae à 0,1 pg/µl en mélange dans une solution d'ADN de M. larici-populina à 10 ng/µl. Le seuil minimal de détection est de moins de 50 urédospores de M. medusae parmi 800 000 urédospores de M. larici-populina, soit un seuil inférieur à 1/10000. Les amorces spécifiques de M. medusae constituent donc un outil de détection très performant pour le suivi de la répartition de cette espèce, parasite de quarantaine en France.