Espèces phylogénétiques chez les champignons, applications, limites et approches alternatives. L'exemple du complexe Botrytis cinerea

Elisabeth Fournier (1), Tatiana Giraud (2), Yves Brygoo (1)
(1) INRA PMDV. Route de Saint-Cyr. 78026 Versailles cedex. (2) ESE, Bâtiment 362. Université Paris-Sud. 91405 Orsay cedex.
La reconnaissance des " espèces " chez les champignons phytopathogènes, ou plutôt des groupes d'individus descendant d'un ancêtre commun et possédant des caractéristiques évolutives qui leur sont propres, est une question encore largement débattue, et pourtant cruciale pour la lutte contre les maladies des plantes. Le concept de reconnaissance phylogénétique des espèces, basé sur la comparaison de généalogies multiples, a été largement utilisé durant la dernière décennie, et a révélé l'existence de nombreuses espèces cryptiques. Cependant, ce concept présente des limites, en particulier lorsqu'on considère des genres dans lesquelles les espèces ne sont pas toutes connues ou échantillonnées en nombre suffisant, des groupes dans lesquels les espèces sont séparées depuis peu de temps, ou encore des espèces qui échangent encore de l'information génétique. Au travers de l'exemple du complexe d'espèces Botrytis cinerea, nous illustrerons l'application de ce concept, en discuterons les limites, et proposerons des approches alternatives.