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Espèces phylogénétiques chez les champignons,
applications, limites et approches alternatives. L'exemple du complexe
Botrytis cinerea
Elisabeth Fournier (1), Tatiana Giraud (2), Yves Brygoo (1)
(1) INRA PMDV. Route de Saint-Cyr. 78026 Versailles cedex. (2) ESE, Bâtiment
362. Université Paris-Sud. 91405 Orsay cedex.
La reconnaissance des " espèces " chez les champignons
phytopathogènes, ou plutôt des groupes d'individus descendant
d'un ancêtre commun et possédant des caractéristiques
évolutives qui leur sont propres, est une question encore largement
débattue, et pourtant cruciale pour la lutte contre les maladies
des plantes. Le concept de reconnaissance phylogénétique
des espèces, basé sur la comparaison de généalogies
multiples, a été largement utilisé durant la dernière
décennie, et a révélé l'existence de nombreuses
espèces cryptiques. Cependant, ce concept présente des limites,
en particulier lorsqu'on considère des genres dans lesquelles les
espèces ne sont pas toutes connues ou échantillonnées
en nombre suffisant, des groupes dans lesquels les espèces sont
séparées depuis peu de temps, ou encore des espèces
qui échangent encore de l'information génétique.
Au travers de l'exemple du complexe d'espèces Botrytis cinerea,
nous illustrerons l'application de ce concept, en discuterons les limites,
et proposerons des approches alternatives.
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